Вернувшись в Москву из второго похода, Голицын понял, что его карьере нанесен сокрушительный удар. Поняла шаткость своего положения и Софья. Правительница увидела себя одинокой: за ее спиной стояла лишь часть боярской родовитой знати, но и эта часть была бездеятельна. Дворянство, избавившее Софью от буйных и своевольных стрельцов, получив на первых порах и «честь», и «жалованье», было затем забыто ею и глухо роптало. Переговоры с иезуитами и гугенотами, «латинские прелести» и дружба с иноземцами восстановили против Софьи и Голицына русскую церковь во главе с патриархом Иоакимом.
Росло недовольство и в народе. То тут, то там вспыхивали восстания. На Дону поднялись «воровские» казаки Матвея Скалозуба. В ответ на преследования правительством раскольников ревнители «старой веры» уходили на север, в дальние заволжские и северные скиты. Увеличивалось число «гарей». Раскольники поднимали и восстания (как, например, на Донце, где выступил старец Иосиф, поддержанный казачеством). В Конотопе Афанасий Беляев рассказывал о готовящемся в Путивле восстании.
Государственная власть была не в силах справиться с преступлениями и разбоем. Разбойничали даже такие знатные люди, как князь Лобанов-Ростовский, Петр Кикин, Иван Микулин.
Правительница Софья чувствовала, как почва под ее ногами колеблется. И в трудную минуту взоры ее снова обратились к стрельцам. Мечтавшая о царском престоле, заказавшая свой портрет в царском одеянии, Софья еще в 1687 г. поручила своему второму «галанту», Федору Шакловитому, выяснить, как отнесутся стрельцы к венчанию ее на царство. Стрельцы весьма сдержанно и холодно отвечали представителям правительницы. В их памяти были еще свежи воспоминания о сентябрьских днях 1682 г. и о казни Хованских.
Софья все же не расставалась со своей мыслью. Она все чаще и чаще появлялась на торжественных выходах, стараясь завоевать любовь народа. В официальных документах Софья именовала себя: «Всея Великия и Малыя и Белыя России самодержица». Этим она вызвала вопрос раздраженной Натальи Кирилловны: «Для чего же стала писаться с великими государями вместе? У нас люди есть, и они того дела не покинут».
Обе стороны старались сохранить видимость хороших отношений, соблюдали приличие и благолепие, но раздражение друг против друга, хотя и тщательно скрываемое, росло и все чаще прорывалось наружу.
Василий Васильевич Голицын сокрушался (это и подходило к его мечтательной натуре «прожектера») и говорил: «Жаль, что в стрелецкий бунт не уходили царицу Наталью…». Человек дела, а не слов, решительный Шакловитый считал дело поправимым и увещевал Софью: «Чем тебе, государыня, не быть, лучше царицу извести». Настроенные Софьей стрельцы роптали. Один из них, Черемной, говорил, что надо «уходить старую царицу, медведицу», а если Петр заступится за мать, то «чего и ему спускать? За чем стало?».
