Когда Фридрих II въехал в имперский пфальц Вимпфен, сын уже ожидал его там, чтобы пасть к ногам отца. Этого ему не было дозволено. Речь шла не о решении семейных неурядиц, а о караемом смертью государственном преступлении. В качестве наглядного доказательства перемены в образе мыслей Генрих должен был для начала сдать все свои крепости. И все-таки он медлил. В замке Трифельс хранились имперские инсигнии, которые раздираемый страхом и надеждами мятежник охотно оставил бы себе в качестве залога. Кроме того, он боялся прослыть предателем у гарнизонов крепостей (которые уже давно были брошены на произвол судьбы). После этого Фридрих приказал сопроводить его в Вормс как пленного, где он, сидя в башне Лугинсланд, в отчаянии вынужден был слушать праздничный гул горожан, которые до самого конца противились его власти.
Епископ Ландольф Вормсский напрасно пытался помочь своему бывшему господину, которому он был предан и как министериал; он заступался за него и, возможно, даже готовил побег. Когда же император увидел его при встрече у портала собора среди других епископов, он настолько отчетливо дал ему понять свое неудовольствие, что тот едва смог спастись и спрятаться.
4 июля состоялся суд над королем Генрихом, который в основном проводили князья. Пленник должен был на коленях просить прощения и отказаться как от королевства, так и от личной собственности. Таким образом ему удалось спасти свою жизнь, но свобода была потеряна навсегда, тем более что замок Трифельс еще не был сдан. Только через несколько месяцев последние крепости были захвачены, а их население взято в плен или вынуждено было эмигрировать.
С Фридрихом Австрийским и Ломбардской Лигой император намеревался разобраться отдельно, а с бывшими союзниками Генриха он вел себя необыкновенно мягко. Даже Ландольф Вормсский получил разрешение оставить при себе свое епископство. Только к сыну не было проявлено никакой милости. Под «присмотром» некогда притесненного им герцога Баварского Генрих был препровожден сначала в Хайдельберг, а затем в крепость Альтгейм, а к концу года перевезен в Апулию, так как возникла опасность попытки герцога австрийского освободить пленника. В 1240 году последовал перевод из Рокко Сан Феличе при Мелфи в Никастро в Калабрии. Когда через два года тюрьму снова сменили, все еще надеющийся на прощение пленник впал в безграничное отчаяние и 10 февраля 1242 года упал со своей лошадью в пропасть. В соборе города Козенца его похоронили с королевскими почестями. До сегодняшнего дня туристам показывают его саркофаг.
