Для врачей Фридрих ввел строгие положения об обучении и пошлинах. Теперь они не имели право самостоятельно изготовлять лекарства, для этого было создано сословие аптекарей, которые подлежали такому же строгому надзору, как купцы или ремесленники. Жесткие постановления о наказаниях карали прелюбодеев, похитителей, сводников, игроков, богохульников и людей, изготовляющих магические зелья. Самым радикальным образом Фридрих обошелся с еретиками. Он решил, что вместе с величием Господа они оскорбляют величие императора, стоящего ближе всего к Создателю, практически идентичного со Всевышним. Под еретиками понимались не иноверцы (сарацины и евреи пользовались его особым покровительством), а враги государства, угрожающие официальной религии. Именно так следует понимать чудовищную иронию, сквозившую из эдикта о еретиках в Liber Augustalis, который позднее был еще более ужесточен и распространен на всю империю. Прежде всего Фридрих обратился против секты патарианцев, которая приобрела большой вес во второй половине 11 века в ломбардских городах, особенно в Милане. Республикански ориентированное народное движение с религиозными лозунгами боролось здесь против аристократии, городского клира и римско-германского императора, который хотел уничтожить независимость городских республик. Против этого активного массового движения и была направлена открытая антипатия Штауфена. Он умышленно говорил: как арианцы нарекли себя в честь Ария, а несторианцы – в честь Нестора, так патарианцы назвались в честь страстей святых мучеников (Passion). «Так повелеваем Мы по Нашему закону проклятых патарианцев смерти предать мученической, каковую сами избрали они себе: пусть выжгут им глаза, ибо они обречены приговору пламени. Пусть Нас никогда не мучает совесть, что Мы поступили согласно их собственным пожеланиям». Тот же, кто прятал или покровительствовал еретикам, лишался своего состояния.
Мысль, что «ломбардская чума» из свободной республиканской народной оппозиции может перебраться и в его сицилийское образцовое государство, заставила этого образованного латиниста прийти к такой этимологической параллели, о которой он сам никогда не задумывался. Еще в самом начале патарианцев ругали словом «pataria» («сброд») и в конце концов они взяли это ругательство в качестве почетного звания, как позднее нидерландские «бродяги». Как «патарианцы» могли, впрочем, преследоваться любые неугодные государству люди, против чего активно протестовал Папа Грегор IX.
