Пьянов поговорил «с хорошими людьми». Решили подождать до рождества, когда казаки соберутся на багренье (лов рыбы). Тогда они и «примут» Пугачева. Пугачев отправился в обратный путь и в Малыковке, по доносу Филиппова, был схвачен. Его обвинили в намерении увести яицких казаков на Кубань. Пугачев категорически отрицал свою вину, заявив, что он только рассказывал, как некогда увел на Кубань донских казаков Игнат Некрасов. Из Малыковки Пугачева отправили в Симбирск, оттуда в Казань, где в январе 1773 г. заключили в тюремные «покои». Пугачеву удалось установить связь с купцом-старообрядцем Василием Щелоковым, которого ему рекомендовал Филарет. Щелоков навестил Пугачева. Зная приверженность к «старой вере» своего будущего покровителя, Пугачев сказал ему, что сидит в тюрьме «по поклепному делу, да за крест и бороду» и попросил заступничества. Щелоков обещал помочь ревнителю «старой веры» из донских казаков, но особой активности не проявил. Вскоре Пугачев заболел, и по его просьбе с него сняли ручные кандалы и заменили тяжелые ножные кандалы легкими. Во второй половине марта Пугачева в сопровождении солдата отпускали бродить по городу «для прошения милостыни». Потом колодников стали посылать работать на Арское поле. У Пугачева возникла мысль о побеге.
В трезвом, спокойном, сдержанном, смиренном колоднике, пострадавшем за «крест и бороду», вряд ли кто мог увидеть будущего вождя крестьянской войны. Казанский губернатор фон Брандт в своем письме в Сенат расценивал разговоры Пугачева с Филипповым о своих планах в отношении яицкого казачества как пьяную болтовню невежественного казака и считал возможным наказать его кнутом и отправить на постоянное жительство в Сибирь.
Петербург санкционировал предложение казанского губернатора. По именному указу Екатерины II приказывалось «учинить» Пугачеву «наказание плетьми», отправить в Пелым, «где употреблять его в казенную работу… давая за то ему в пропитание по три копейки в день». Письмо генерал-прокурора Вяземского с «именным повелением» императрицы Брандт получил 3 июня, но «исполнение по тому указу не было учинено» — 29 мая Пугачев и его товарищ по заключению Дружинин, подговорив одного солдата и напоив до пьяна другого, бежали в кибитке. Это был четвертый побег Пугачева.
О бегстве Пугачева Брандт не торопился сообщить в Петербург, но когда эта весть все же пришла в столицу, на этот раз в Петербурге, лучше, чем в Казани, поняли, какую опасность представляют действия уроженца Зимовейской станицы, беглого донского казака Емельяна Ивановича Пугачева.
