Осознавший размах советских проникновений Запад столкнулся с другой трудностью — проблемой контрразведки. Тысячи расследований и проверок безопасности перенапрягали ресурсы ФБР и офиса военно-морской разведки. Так, в феврале 1948 г. офис военно-морской разведки имел в общем 15 000 незаконченных расследований, каждый месяц к ним прибавлялось еще 850 расследований, и большая их часть так и осталась незавершенной.
Среди самых запутанных дел того времени был случай с американским моряком, уволенным из ВМС с диагнозом «психопат». Пройдя курс лечения, он сумел устроиться в торговый флот с твердым намерением действовать впоследствии как агент офиса военно-морской разведки. Во время заходов его судна в порты Копенгагена и Хельсинки он контактировал с американскими атташе на предмет его вербовки. Эта попытки окончились неудачей, а его поведение привело к тому, что всех американских атташе в странах, расположенных на берегах Балтийского моря, призвали остерегаться фаната профессии разведчика.
Торговые и рыболовные суда Советского Союза и стран Восточной Европы были подходящими платформами для проведения разведывательных операций, поэтому очень часто они использовались для высадки или взятия на борт агентов в различных уголках земного шара. Эти судна могли также вести разведку вблизи военных баз и сообщать по радио о любом встреченном ими американском, британском или другом западном военном корабле. Потенциальные возможности торгового судна или же траулера для участия в тайных операциях стали в тот период абсолютно очевидными для западных разведывательных служб. В связи с увеличившимся количеством донесений о том, что агенты востока проникают в Соединенные Штаты, офис военно-морской разведки в начале 1947 г. мобилизовал своих военно-морских атташе на отслеживание советских агентов и революционеров, тайно перебрасываемых в Западную Европу, Соединенные Штаты и Латинскую Америку на советских и восточноевропейских торговых судах. Шестнадцатого сентября 1947 г. Вашингтон информировал своих военно-морским атташе в Москве, Афинах, Риме, Париже и Мехико о том, что в конце февраля пароход «Россия» доставил в Нью-Йорк 13 агентов НКВД. Позже тот же пароход высадил 12 агентов в Мексике; наконец, в июле, группа из 17 оперативных работников, спрятанных среди пятисот евреев из Хайфы, проникла якобы в Соединенные Штаты. В целом пароход «Россия» мог доставить в разные страны Запада около 190 агентов. Помощник военно-морского атташе в Одессе прислал имена подозрительных лиц, проживающих в США, которые контактировали или же намеревались установить контакт с прибывающими в США из Одессы советскими судами.
