Согласно конституции, герцог Варшавский осуществлял исполнительную власть, опираясь на Государственный совет и Сейм. Сейм, состоявший из шляхты, не имел права законодательной инициативы, его роль сводилась к обсуждению и утверждению указов герцога, подготовленных правительством. Был введен в действие Гражданский кодекс Наполеона. Он установил равество всех граждан перед законом, ликвидировал крепостное право и феодальные привилегии, гарантировал личную свободу крестьян, но без права собственности на землю. Было также введено семейное право, разрешившее (вопреки догмам католической церкви) гражданский брак и развод. Система образования приобрела светский и национальный характер.
Продолжалось формирование польской армии, начатое еще осенью 1806 года. Ее костяк составили ветераны польских легионов генерала Яна Домбровского, сражавшихся в Европе на стороне Наполеона.
Австрийская монархия, стремившаяся вернуть себе владения, потерянные по Пресбургскому миру 1805 года, 9 апреля 1809 года (нового стиля) объявила войну Франции. Австрийцы надеялись, что им поможет национально-освободительная борьба испанского народа против французских оккупантов. Войска под командованием эрцгерцога Карла двинулись в Баварию с расчетом разбить в районе Регенсбурга разъединенные силы французов. Однако вышло точно наоборот. Наполеон уже 22 апреля (нов. ст.) разбил австрийцев под Экмюлем (потери австрийев составили около 45 тыс. чел.) и заставил их отступить в сторону Вены. А 5 - 6 июня (нов. ст.) он разгромил их под Ваграмом.
Одновременно другая группа австрийских войск под командованием эрцгерцога Фердинанда вторглась в Польшу и заняла Варшаву. Но польские дивизии князя Юзефа Понятовского в результате нескольких сражений выбили австрийцев из Западной Галиции. Поляки освободили Люблин, Замостье, Радом, Сандомир, Краков и Львов, что вынудило австрийцев покинуть Варшаву.
По Шёнбруннскому миру, заключенному 2 (14) октября 1809 года, Австрия вернула Герцогству Варшавскому земли южной части Польши с городами Краков, Сандомир и Люблин, захваченные ею при третьем разделе Речи Посполитой в 1795 году. После этого площадь герцогства увеличилась до 155 тыс. кв. км., а население до 4,3 млн. человек.
Столь значительное увеличение Варшавского герцогства вызвало в Петербурге серьезное беспокойство. Там прекрасно понимали, что поляки и литвины (вся шляхта бывшего ВКЛ уже давно полонизировалась) в скором будущем поставят вопрос о возвращении Варшавскому герцогству земель ВКЛ, захваченных бабкой Александра I — императрицей Екатериной II.
