Творческие планы писателя были прерваны Второй мировой войной. Позже, в эмиграции, в одном из интервью он расскажет следующее: «Сентябрь 1939 г. застал меня на Виленщине, где я пережил оккупацию литовскую, советскую, немецкую и снова советскую. Все это время работал в конспирации. Литературной деятельностью не занимался. Писал только для подпольной прессы на Виленщине и в центре страны. В 1943 г. был награжден орденом “Крест заслуги с мечами”».
Лаконичная цитата из интервью писателя не дает исчерпывающей информации о военном периоде его жизни. Некоторые же факты были просто неизвестны современникам писателя и открываются только в последнее десятилетие. С началом Второй мировой войны Пясецкий возвращается на Виленщину и принимает активное участие в польском антифашистском подпольном движении. Сотрудничает с Союзом Вооруженной Борьбы, а позже - с Армией Крайовой. Некоторое время Пясецкий возглавляет Отдел исполнения приговоров польских конспиративных судов, так называемую Экзекутиву. Часто меняет фамилию и документы, псевдонимы: Конрад, Кира, Суез.
Сергей Пясецкий заставил понервничать германские оккупационные власти - очень часто сверхсекретные документы попадали не в Берлин, а в Лондон, прямо в британскую разведку. А законспирированных немецких агентов, что внедрялись в польско-белорусское сопротивление, как бы внезапно настигала смерть.
В 1942 г. Пясецкий, живя и действуя под фамилией Макаревич, знакомится с потрясающей девушкой Ядвигой Томашевич (по другим источникам - Вашкевич) и женится на ней. Подробных сведений об их браке нет, однако известно, что писатель в 1942 г. перешел из православия в католицизм. Разные источники объясняют это политическими причинами или мировоззренческой эволюцией Сергея Пясецкого, однако, скорее всего, переход в другую конфессию был связан с венчанием в костеле. В 1944 году у четы Пясецких родился сын Владислав.
В апреле 1946 года писатель, протестуя против новых порядков в послевоенной Польше, написал брошюру «Сто вопросов в адрес сегодняшней Варшавы», отправив ее в форме открытого письма редактору еженедельника «Robotnik» («Рабочий»).
В ней автор рассказал о своем опыте пребывания в оккупации, особое внимание уделив проблемам цензуры, политическим репрессиям над инакомыслящими, преследованию религии, а также расправе над польскими офицерами в Катыни. Заканчивает письмо писатель следующими словами: «Я буду писать так, как действительно думаю, и там, где захочу, а не под диктовку министра пропаганды».
