Все учебные заведения, готовившие православных священников, были упразднены после революции; теперь же в Москве восстановили духовную академию и семинарию. Сначала они находились в Новодевичьем монастыре, а затем переместились в Троице–Сергиеву лавру. В семинарии давалось первоначальное необходимое для священника образование, с тем чтобы он мог трудиться в приходе. Пройдя этот первый этап, некоторые могли продолжить обучение на более высоком уровне — в академии. В Ленинграде также вновь открыли академию и семинарию, еще в нескольких городах — семинарии. Стал возможным выпуск периодического издания — ежемесячного «Журнала Московской патриархии» (его за несколько лет до этого начал было издавать владыка Сергий, но тогда журнал был быстро прикрыт).
Однако для Церкви по–прежнему оставалась запретной любая форма деятельности в обществе. Единственной свободой, которая ей действительно была дана, оказалось право совершать богослужение. К Церкви относились приблизительно так, как к резервации индейцев, — не уничтожали при условии, что она не перейдет намеченную грань. Все, что ей было дозволено, — это удовлетворять «религиозные нужды» населения, согласно иронической формуле Маркса, который причислял их к нуждам физиологическим. Советскими руководителями эти нужды воспринимались лишь как отправление культа.
Кроме того, Церковь была поставлена под строгий надзор, для чего при Совете министров СССР создали специальный орган: Совет по делам Православной Церкви. Официально утверждалось, что этот совет служит посредником между религиозными организациями и советской властью, а на деле он был нужен для того, чтобы осуществлять непосредственную связь с органами и постоянно контролировать деятельность Церкви. Совет находился в Москве и имел уполномоченных в каждой области. Подобный же совет занимался другими религиями.
В это время советское руководство стало использовать Церковь для проведения своей международной политики. Православным иерархам было позволено устанавливать отношения с внешним миром при условии, что они будут выступать в духе советской пропаганды, особенно в тех кругах Запада, на которые мало влияли коммунистические партии. Между тем верующие, находящиеся в лагерях, как и все другие обитатели ГУЛАГа, не были выпущены на свободу. Поэтому епископ Афанасий, отцы Пераке и Петр продолжали отбывать срок, и вообще аресты среди верующих не прекратились.
Однако, несмотря на все сложности, Церковь смогла подняться. Сразу после войны она получила некоторую свободу действий, чуть большую, чем в последующие годы, когда режим вновь набросился на нее неумолимо и яростно. К тому же Церковь получила подкрепление, поскольку в нее влились новые силы — клирики из аннексированных СССР стран, которые еще не попали под дорожный каток советизации. Часть священников и епископов, покинувших Россию после революции, возвратились в страну. Они принесли с собой немного кислорода, хотя их собственная жизнь часто была очень трудной. Наконец Православная Церковь восстановила свое единство. Во время войны обновленцы практически утратили своих последних приверженцев. С другой стороны, епископы, порвавшие с митрополитом Сергием, теперь признали Алексия I Патриархом. Если еще и оставались общины в подполье, то, кажется, они были немногочисленны. Владыка Афанасий, отец Иеракс и отец Петр в 1945 году сумели передать из лагеря своим духовным чадам письмо, в котором излагалась их позиция. Новый Патриарх избран законным путем и действительно олицетворяет единство Церкви. Если некоторые действия Алексия I и патриархии могут смущать и соблазнять ревностных православных, то все это останется на его совести и он даст отчет Господу, но это не основание для того, чтобы они себя лишили благодати святых таинств
