На пятом году жизни Фому определяют учиться в монастырь бенедиктинцев в Монте Кассино, где он проводит около девяти лет, проходя классическую школу trivium, из которой выносит прекрасное знание латинского языка. В связи с изгнанием бенедиктинцев из Монте Кассино Фридрихом II Фома в 1239 г. возвращается в родной дом, сняв монашескую рясу. Осенью того же года он отправляется в Неаполь, где обучается в университете под руководством наставников Мартина и Петра Ирландского.
В 1244 г. Фома принимает решение вступить в орден доминиканцев, отказавшись тем самым от должности аббата Монте Кассино, что вызвало решительный протест семьи, которая, желая заставить сына отказаться от принятого решения, обращалась даже к папе, прося его о ходатайстве перед властями ордена. Просили также, чтобы Фоме было разрешено носить рясу доминиканца и одновременно занимать пост аббата в бенедиктинском монастыре в Монте Кассино. Но молодой Фома был непреклонен и не изменил однажды принятого решения. Совершив пострижение в монахи, он несколько месяцев пребывает в монастыре в Неаполе, откуда генерал ордена доминиканцев Иоанн Тевтонский забирает его с собой в Болонью, куда он отправился на капитул. Здесь было решено послать Фому с несколькими другими членами ордена в Парижский университет, являвшийся в то время центром католической мысли. Но намечавшаяся поездка не состоялась. В дело решительно вмешалась семья. Едва Фома успел покинуть Болонью и выехать за пределы Рима, как на пути к Парижу он был схвачен группой всадников — его братьями, которые служили в то время в императорской армии в Ломбардии. Захваченный в плен, он был возвращен в отцовский замок в Роккасекка и здесь в профилактических целях заключен в башню, в которой находился свыше года. В дальнейшем семья, не пренебрегая никакими средствами, пытается заставить сына отказаться от принятого решения. Есть сведения о том, что братья Фомы, желая совратить его с избранного пути, провели в принадлежавшую ему комнату красивую куртизанку, полагая, что он подвергнется искушению или будет скомпрометирован. Фома впал в неистовство, выхватил из камина тлеющее полено и стал им размахивать, угрожая поджечь замок. Перепуганная женщина убежала. Через минуту он успокоился, запер изнутри дверь и бросил горящее полено в огонь. Мать, видя, что сын не изменил решения, смирилась с судьбой, и Фома летом 1245 г. получил свободу, а осенью того же года отправился наконец в Париж.
