Владыка прибыл в Вышенскую пустынь в качестве ее настоятеля. Сначала он поселился в настоятельских покоях, а потом во флигеле, занимая верхний этаж — деревянный, в нижнем же, каменном, помещалась просфорня и две братские келии. В числе помещавшейся здесь братии был духовник епископа Феофана, которого святитель часто призывал к себе наверх для совета, стуча для сего палкой по полу. В середине второго этажа находился небольшой балкон.
Обстановка в помещении святителя Феофана была самая простая, чуждая не только роскоши, но и обыкновенных удобств. Стены деревянные, без обоев, несколько потемневшие от времени.
Мебель простая и ветхая: шкаф из простого дерева, комод, стол простой, складной аналой, кровать складная, диван из березового дерева и все прочее — простое и дешевое, и как поначалу было сделано, так и осталось до кончины святителя. Вышенская пустынь, конечно, могла бы гораздо лучше обставить его помещение, но он решительно не хотел того. Один из Тамбовских преосвященных предложил святителю сделать распоряжение об улучшении обстановки, но он не согласился, сказав, что все устроено по его личному желанию.
Суетная должность настоятеля нарушала внутренний покой епископа Феофана, и вскоре он подал новое прошение об освобождении его и от этой обязанности. В письме к Н. В. Елагину в сентябре 1866 года он писал: «Видно, что управление (Вышенской пустынью), к коему надо приложить и заботу о содержании обители, доставлять будет много хлопот и беспокойств скорбных. Сего ради созрело у меня намерение отказаться от управления обителью. Думаю написать о сем митрополиту частное письмо, прося, чтобы на основании его решения последовало мое в Синод прошение» [144, с. 27–28].
14 сентября 1866 года, в день Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, святитель Феофан послал в Святейший Синод прошение об увольнении его от управления Вышенской обителью и назначении ему пенсии, так как «скудость содержания в обители и хлопотливые способы добывания его не дадут ему покоя при управлении обителью» [Там же).
Святейший Синод удовлетворил его просьбу и определением от 19/28 сентября 1866 года постановил: «1) Уволить преосвященного епископа Феофана от управления Вышенской пустынею, 2) предоставить ему право служить, когда пожелает, 3) подчинить ему по церковно–служебной части братию Вышенской пустыни так, чтоб они совершали с ним церковные службы по его назначению, 4) предоставить в его распоряжение занимаемый им флигель, обязав пустынь приспособить, ремонтировать, отоплять оный и исполнять желание епископа относительно трапезы и 5) назначить ему пенсию 1000 рублей со дня увольнения на покой от управления Владимирскою епархиею» (т. е. с 17 июня 1866 г.) [232, с. 427].
