Однако предметом самых усердных забот, истинно отеческих попечений епископа Феофана явились церковноприходские школы и духовно–учебные заведения епархии. Он закончил начатую его предшественником, епископом Иустином, постройку общежития для учеников Владимирской духовной семинарии, освятил и открыл его в первый год своего пребывания во Владимире.
Общежитие это вмещало 150 учеников; кроме того, здесь были помещения для ректора, инспектора, эконома, а также для правления, библиотеки и больницы. Открытие общежития для семинарии имело в учебно–экономическом отношении большое значение. Здесь ученики находились под постоянным надзором и руководством со стороны начальства и учителей, пользовались более чистым и удобным помещением, получали несравненно лучший стол, чем на семинарских квартирах.
До прибытия епископа Феофана во Владимире не было училища для девиц духовного сословия. Сознавая его необходимость, преосвященный Феофан так же, как и в Тамбове, стал ревностно заботиться об его устройстве. В начале 1865 года его ходатайство было удовлетворено Святейшим Синодом, и состоялось открытие училища и освящение церкви в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, которое совершил сам епископ Феофан.
«Девичью бурсу открыли, — писал владыка, — церковку освятили, и красавицы мои блаженствуют. А уж начальница, что за чудо! Как у ней идет все ловко, умно, матерински, экономично. Не нарадуюсь. Красавиц с 20. Как они сначала дики были и как теперь привыкли. Рады–рады, когда приедешь к ним» [134, с. 57].
По истечении первого полугодия со временеми открытия училища архипастырь самолично произвел экзамен по всем пройденным предметам в присутствии членов училищного совета и наставников училища, хотя этот экзамен не имел публичного характера.
При преосвященном Феофане возросло строительство, ремонт и благоукрашение храмов епархии. Его личными заботами был устроен храм во имя Рождества Христова при· Владимирском архиерейском доме вместо прежнего, пришедшего в ветхость. Благодаря его стараниям и усердию попечителей Крестовая церковь была заново переделана и стала много обширнее и светлее. С начала 1865 года по ходатайству епископа Феофана стали выходить «Владимирские епархиальные ведомости».
Непродолжительно было служение епископа Феофана во Владимире, но и здесь он проявил себя ревностным архипастырем и успел заслужить всеобщее уважение и любовь. За усердную и плодотворную архипастырскую деятельность во благо Святой Церкви 19 апреля 1864 года епископ Феофан был награжден орденом Анны 1–й степени.
