Ректор академии должен был вести кафедру Догматического богословия, но ввиду огромной занятости епископ Феофан, начиная с 1858 года, отказался от профессорской должности. Кроме административных и других забот по ректорской должности, архимандрит Феофан должен был еще нести обязанности блюстителя за преподаванием Закона Божия в светских учебных заведениях столицы и ее окрестностей, председательствовать в учрежденном при академии Комитете по изданию трудов византийских историков в русском переводе, ас 1858 года, когда было официально возобновлено дело перевода Священного Писания на русский язык, состоял председателем и в учрежденном при академии Комитете по этому делу, и все эти обязанности он совмещал с должностью редактора академического журнала «Христианское чтение».
Как ректор архимандрит Феофан посещал лекции профессоров, присутствовал на экзаменах, следил за всем ходом учебного процесса в академии. Особое внимание он обращал на воспитательную работу во вверенной ему академии: «Он был руководителем и отцом академических студентов и обращался с ними, как отец со своими детьми» [194, с. 663–664].
Архимандрит Феофан заботился о насаждении в юных умах доброго, истинно христианского направления. Будучи прекрасным психологом и наблюдателем религиозно–нравственной жизни, он любил беседовать со студентами на темы христианской психологии, и эти беседы о душе, о ее высших стремлениях и их практическом осуществлении очень нравились юным слушателям и оказывали на них сильное благотворное влияние.
Частые беседы, простота и доступность в обращении со студентами способствовали тому, что питомцы академии доверяли своему ректору и свободно обращались к нему со всеми своими нуждами и недоумениями.
Из письменных работ студентов ректор особо выделял проповеди и советовал со вниманием и любовью заниматься этим первым делом пастырства. Он рекомендовал студентам читать святоотеческие творения и проповеди лучших современных проповедников с целью подражания им.
За время пребывания в должности ректора Духовной академии архимандрит Феофан произнес более двадцати проповедей. Он проповедовал в Александро–Невской Лавре, в Исаакиевском соборе и других храмах Санкт–Петербурга в большие праздники при громадном стечении народа, когда торжественное богослужение совершал митрополит Григорий с другими архиереями. Эти проповеди написаны с большим тщанием и воодушевлением. «Не удивительно, что они нравились слушателям и снискали ему (архимандриту Феофану — А. г.) славу лучшего в то время проповедника и очень умного богослова, так как они отвечали на запросы того времени и удовлетворяли религиозным потребностям общества» [201, с. 74].
