Доказательная база у следствия практически отсутствовала и чтобы её создать, прибегли к испытанному средству – стали выбивать из арестованных признательные показания при помощи пыток. Даже западные правозащитники, которых нельзя заподозрить в симпатиях к коммунистам, были вынуждены выступить с протестами против этого, как они его назвали, «пыточного» дела! Физическому насилию – не говоря уж о моральном давлении – были подвергнуты в той или иной степени практически все арестованные. Особенно жестоко истязали Игоря Данилова и Олега Алексеева, которые при аресте оказали вооруженное сопротивление спецназу, бравшему штурмом их квартиру. Алексеев мужественно держался до момента, когда ему устроили очную ставку с его невестой – семнадцатилетней Ниной Польской. Измученная девушка, которую полицейские подонки грозили «изнасиловать шваброй»(!?), умоляла его покориться, и он подписал оговаривающие его и товарищей показания, после чего попытался покончить с собой, но не погиб, а лишь получил тяжёлую травму. С Игорем Даниловым творили что-то невообразимое: избивали, подвешивали на дыбе, били головой об стену, прыгали на нём, оставляли раздетого в холодной камере… В результате у него было сломано 7 рёбер, осколками их повреждено легкое, начался тяжелейший гнойный плеврит, от которого он едва не умер (не говоря уж о выбитых зубах, травмах головы, изуродованных руках и т.д.). Достойно вели себя, несмотря на физическое и моральное давление, почти все остальные товарищи.
Осенью 2003 г. в Одессе начался суд при чрезвычайно драматических обстоятельствах: тяжело заболел юный Серёжа Бердюгин (в результате травм, полученных во время следствия, у него развился скоротечный рак). На первое заседание суда несчастного внесли на руках… Последние недели жизни он провёл в больнице, прикованный наручниками к кровати и с полицейским охранником у изголовья. Серёжа умер 1 ноября 2003 г. По инициативе украинских коммунистов ему были устроены грандиозные похороны, на заседании Верховной Рады была объявлена минута молчания.
Суд между тем продолжался. Судья Тополев практически не скрывал своей ангажированности. Обвинительный уклон процесса был очевиден: все протесты и ходатайства подсудимых неизменно отклонялись, заключённые были по-прежнему лишены возможности общаться с окружающим миром. Права на переписку (всего одно письмо в месяц!) им удалось добиться лишь путём длительной голодовки И. Романова и А. Смирнова. В деле И. Данилова имелось официальное медицинское заключение о травмах, полученных им в результате пыток, однако суд его нагло проигнорировал.
