6 апреля 1941 г. Германия напала на Югославию и Грецию. При подготовке к этой кампании сформировали три новые транспортные группы. Их вместе с другими частями сосредоточили в Пловдиве (Болгария), объединив в XI авиакорпус. Оттуда часть самолетов перелетела в Лариссу в северной части Греции, уже захваченную немцами. Там дозаправились и взяли на борт десант.
Ставилась задача захватить мост через Коринфский канал. В операции участвовали шесть буксировщиков с планерами и 40 «юнкерсов» с парашютистами. Десант на парашютах захватил окружающие высоты и занял оборону. Планеристы должны были взять сам мост. Один из планеров врезался в устой и разбился; остальные сели благополучно. Десантникам удалось разоружить охрану, но по мосту открыла огонь английская батарея. Снаряд попал в заложенную в опоре взрывчатку, и мост взлетел на воздух.
Самой крупной воздушно-десантной операцией, осуществленной немцами во Второй мировой войне, безусловно, являлась оккупация о. Крит. Для этой цели собрали десять транспортных групп плюс отдельную эскадрилью буксировщиков планеров (тоже на Ju 52/3m) – в общей сложности 493 исправные машины.
Рано утром 20 мая 1941 г. после удара бомбардировщиков планеры DFS 230 отцепились от буксировщиков и начали садиться в намеченных местах. Основной задачей первой волны было уничтожение зенитных батарей. Затем последовала высадка парашютистов. Их выбрасывали в четырех местах. Всего с парашютами десантировали 10 000 человек. Такого не видали даже на довоенных маневрах Красной армии. Парашютистов расстреливали в воздухе, а на земле им сразу приходилось вступать в бой с английскими и греческими солдатами. Потери были очень велики.
К концу второго дня боев парашютисты захватили аэродром Малеме. Хотя его обстреливала артиллерия, «юнкерсы» один за другим совершали посадку, выгружая 5-ю дивизию горных егерей. Подбитые самолеты горели, их тушили, оттаскивали обломки в сторону и принимали новые машины. Авиация доставляла на остров все необходимое – боеприпасы, продовольствие, медикаменты, а также тяжелое вооружение и транспортные средства. Всего в ходе посадочного десанта на Крит перебросили более 13 000 солдат, 353 орудия и 771 мотоцикл. Последние частично перевозили на наружной подвеске между стойками шасси.
Остров захватили, но ценой больших потерь. К 31 мая в составе XI авиакорпуса осталось всего 185 исправных самолетов, то есть менее половины первоначального состава. Некоторые группы опять пришлось расформировать. К моменту нападения на СССР немецкая транспортная авиация еще не успела в полной мере восстановить свою боеспособность.
