Прорыв через Ла-Манш был тактическим триумфом и вновь подтвердил, что «Шарнхорст» — счастливый корабль. Во время драматического побега корабль дважды подорвался на минах, одна из которых полностью вывела из строя двигатели. Фактически корабль в течение целого часа оставался совершенно неподвижным, пока проводился экстренный ремонт. И все же корабль опять выжил. «Гнейзенау» повезло меньше — линкор был вынужден отправиться в Киль и ликвидировать в доке полученные повреждения. Во время воздушного налета четырнадцать дней спустя бомба пробила верхнюю палубу и вызвала воспламенение пороха в погребе башни «A». Взрыв и последовавший затем пожар уничтожили всю носовую часть корабля. Вместе со своим близнецом «Шарнхорстом» линкор в течение двух лет участвовал в успешных плаваниях в Атлантике, но теперь его карьера завершалась. Корабль был обречен и закончил свои дни унизительно — как блокшив в Готенхафене (Гдыня).
После триумфального возвращения Курт Цезарь Хоффманн был повышен в звании до контр-адмирала, а затем направлен в Голландию в качестве главнокомандующего флотом. 2 апреля 1942 года дела принял новый командир «Шарнхорста» капитан цур зее Фридрих Хюффмайер. Оказавшись лицом к лицу перед критически настроенным и чрезвычайно самоуверенным экипажем, он столкнулся с определенными трудностями и вскоре получил репутацию неудачника. До этого он командовал легким крейсером «Кёльн». На нижних палубах ходили слухи, что он получил повышение не потому, что обладал высоким морским мастерством, а благодаря личным связям в Берлине. Когда настало время выводить «Шарнхорст» в открытое море, новый капитан вызвал целый отряд буксиров; их оказалось так много, что они мешали друг другу. Мало того, вскоре Хюффмайер умудрился посадить на мель корабль, двигавшийся со скоростью 26 узлов. В другом случае он отправил «Шарнхорст» в док лишь для того, чтобы удалить трос, намотавшийся на винты; завершая череду неприятных случаев, во время учебного плавания в Балтийском море он столкнулся с подводной лодкой!
Однако Хюффмайер не собирался сдаваться. В промежутках между вынужденными докованиями «Шарнхорста» он реализовывал жесткую программу учений, которая включала и всесторонние испытания двух новых радарных установок корабля.
Испытания, проведенные в январе 1943 года южнее датского острова Борнхольм, показали, что носовая радарная установка «Шарнхорста» способна обнаружить цель типа эсминца на дальности от 8 до 13,2 километра. Кормовой радар обнаруживал ту же цель на дальности от 10 до 12 километров, а радиосистема предупреждения
