Ни одну другую тему, относящуюся к внутренней жизни Opus Dei, Эскрива не рассмотрел столь подробно, как свободу. Он обращался к ней в своих сочинениях десятки раз, выделял ее со свойственной ему жесткостью.
Например, однажды Эскрива написал: «Со своей благословенной свободой Opus Dei никогда не станет разновидностью политической партии: внутри Opus Dei есть и всегда будет место для разных точек зрения и подходов, дозволенных христианину его совестью, и на это никак не могут повлиять руководители центров Opus Dei». Эскрива высмеивал то, что называл «псевдодуховным однопартийным менталитетом». Другая цитата: «Господь хочет, чтобы мы служили ему свободно — ubi autem Spiritus Domini, ibi libertas — «Где Дух Божий, там свобода», и потому апостольская миссия, которая не уважает свободу, безусловно, вредна».
Может быть, самое известное замечание по этому поводу содержится в составленной Эскрива для директоров центров инструкции о том, как помочь членам Opus Dei осознать собственную свободу: «Если директора навязывают какое-то свое отношение к светским делам, то члены, которые думают иначе, должны немедленно протестовать, и это справедливо. Со своей стороны, я буду иметь печальную обязанность благословлять и хвалить тех, кто твердо отказался подчиниться, и со святым негодованием поправлять директоров, которые хотели воспользоваться властью, не имея на то права». Согласно Эскрива, суть в том, что «личная свобода и ответственность — лучшие гарантии сверхъестественной задачи «Дела Божьего».
Епископ Альваро дель Портильо, преемник Эскрива, однажды сказал его биографу Питеру Берглару, что Эскрива никогда публично не комментировал политические проблемы отчасти из-за того, что уважал свободу членов Opus Dei, поскольку, если «Отец» займет какую-то позицию, это станет сильным моральным давлением на каждого из членов. Решимость Эскрива преодолеть политические разногласия заходила весьма далеко: например, во время гражданской войны в Испании он подстрекал знакомых молодых людей играть в футбол в политически разнородных командах, так, чтобы это никогда не выглядело как «черные» против «красных». Такой же подход был не только к политике, но и к бизнесу, культуре — к любой области, где люди организовывались по общим интересам. Эскрива настаивал, что Opus Dei не должен быть ни на чьей стороне.
Широко известно, что внутри Opus Dei священники и директора центров должны помогать членам в их духовной жизни, распространяя учение католической церкви, и это все. Священникам не советуют высказывать политические замечания, чтобы не отвратить доверившихся им людей. Руководству не полагается интересоваться политическим выбором члена Opus Dei или его профессиональной деятельностью. Студент университета, вовлеченный в Opus Dei, однажды выразил Эскрива свое удивление, что никто не спрашивает его о политических убеждениях, и Эскрива ответил: «Вместо этого тебе зададут другие «неудобные» вопросы. Тебя спросят, молишься ли ты, правильно ли тратишь свое время, радуешь ли своих родителей, учишься ли ты, ведь для студента учиться — это серьезная обязанность».
