В конце понтификата Павла VI возникла ссора между Эскрива и главным советником папы монсеньором Джованни Бенелли, который должен был стать кардиналом-архиепископом Флоренции, а также был одним из основных претендентов на роль будущего папы. Однако эта ссора имела весьма косвенное отношение к вопросам церковной доктрины. Частично проблема состояла в том, что Бенелли хотел создать в Испании Католическую политическую партию наподобие итальянской Партии христианских демократов. Эскрива отказался это поддержать, взывая к уже упомянутой логике, а именно, что наличие единственной католической партии не является удачной идеей для церкви, и, кроме того, он не может диктовать политический выбор членам Opus Dei. Бенелли воспринял это как демонстрацию нелояльности, и в течение некоторого времени отношения между Ватиканом и Opus Dei были прохладными. Многократные просьбы Эскрива о встрече с Павлом VI оставались без ответа, и никак не продвигался вопрос с изменением канонического статуса Opus Dei.
Без сомнения, Эскрива многое беспокоило в постсоборный период, отличительными чертами которого были отказы от призваний, ширящееся сопротивление отдельным аспектам папской доктрины, авангардистский дух церковных ритуалов и обрядов. В 1974 году Эскрива сказал чилийскому журналисту: «Матерь Божия плачет и скорбит, у Иисуса опять открылись все раны. Вы знаете — при всем позоре это не секрет, — что церковь в большом беспорядке, внутри нее обилие еретической пропаганды. Многие занимаются злословием, люди, которые должны быть светлыми, надежными, поддерживающими веру, сеют сомнения, люди, которые должны придавать силу, толкают к слабости, люди, которые должны внушать достоинство, порождают страх».
Как указывают его защитники, не один Эскрива пришел к таким заключениям. Сам папа Павел VI однажды так сказал о постсоборных беспорядках: «В храм Бога через какую-то щель просочился сатанинский дух». Нынешний папа Бенедикт XVI при Иоанне Павле II возглавлявший одну из ключевых структур Ватикана — Конгрегацию доктрины веры, описывал «лавину» ухудшений после Ватикана II: «Я убежден, что вред, который мы на себя навлекли за эти двадцать лет, произошел не из-за собора, а из-за того, что внутри церкви были спущены с привязи скрытые полемические центробежные силы, а снаружи церкви из-за того, что на Западе произошла культурная революция, успех в которой одержала верхушка среднего класса, новая буржуазия с ее либерально-радикальной идеологией индивидуализма, рационализма и гедонизма».
