Не менее кровопролитной стала внутренняя политика РКЦ. Ее порождением стала инквизиция (ХIII — ХIХ вв.) — специальный трибунал, предназначенный для борьбы с ересью, т. е. инакомыслием. Верховным инквизитором считался Бог, а Его заместителем — Римский папа. Судопроизводство велось тайно с применением лжесвидетельств и пыток. Подсудимые, а ими были колдуны, ведьмы, гадалки, волхвы и др. еретики, обычно приговаривались к сожжению на костре. В Испании и Португалии была разработана торжественная церемония аутодафе (“акт веры”) — оглашение и приведение в исполнение приговора (последнее аутодафе состоялось в 1826 г. в Валенсии). Особенно изуверствовал монашеский орден иезуитов (“Общество Иисуса”), созданный в Париже в 1534 г. Игнатием Лойолой, и несколько позже утвержденный Римским папой. Иезуиты проникли во многие страны Азии и Америки, а в ХVII — ХVIII вв. в Парагвае даже существовало “Иезуитское государство”. Иезуиты придерживались жесточайшей дисциплины, взаимного шпионажа и убежденности, что ради “вящей славы Божией” допустимо любое преступление. В 1970 г. насчитывалось около 34 тыс. иезуитов, составлявших ведущий отряд клерикального экстремизма.
В конце ХХ в. по странам Европы перемещалась выставка “Средневековые орудия пыток”, собранные в Испании, Австрии и Германии. Изощренные орудия пыток создавались католическими священниками, как говорилось на стендах выставки, из-за страха перед дьяволом, сатаной, антихристом. Страх подогревался чумой, выкосившей почти половину населения Европы. Анонимное доносительство, обвинения в ереси и колдовстве сделались нормой религиозной жизни, когда верующие буквально во всем видели признаки конца света. Епископы, знавшие, что даже среди апостолов находился предатель, стремились выявить еретиков даже в собственных рядах, не останавливаясь перед пытками каленым железом, сажанием на кол и пр. Фактически борьба РКЦ шла не с грехом, а с инакомыслием, шла борьба за тотальную власть церкви.
В ХII — ХIII вв. широкое распространение получили индульгенции (от лат. induIgentia — милость) — папские грамоты, которые свидетельствовали о полном или частичном отпущении как совершенных, так и не совершенных еще грехов. Индульгенции выдавались за деньги или за особые заслуги перед католической церковью, что позволило священнослужителям развернуть настоящую торговлю в целях личного и церковного обогащения. Выдача индульгенций обосновывалась богословами тем, что РКЦ, якобы, обладает неким запасом добрых дел, совершенных Христом, девой Марией и святыми, которыми можно покрывать грехи состоятельных людей.
