Победа союзников была полной. 15 мусульманских галер было потоплено, 190 взято в плен. 12 тысяч христианских невольников-гребцов получили свободу. Потери христиан составили 7,5 тысячи убитых, не считая множества убитых гребцов, место которых были вынуждены занять оставшиеся в живых солдаты.
Победа при Лепанто принесла Хуану Австрийскому невероятную известность. По всей католической Европе служили мессы за его здравие, даже протестантские правители Европы признавали важность его побед. К несчастью, дальнейшая судьба дона Хуана весьма печальна. Филипп II отправил его воевать в Нидерланды, где он и умер 1 октября 1578 года от лихорадки.
После битвы при Лепанто турецкий флот не проводил крупных наступательных операций, однако это не означает, что прекратился морской разбой. Конечно, времена Хайреддина и Драгута навсегда минули в прошлое. Теперь пираты не отваживались месяцами осаждать Ниццу, Неаполь или Мальту. На смену полномасштабным операциям пришли мелкие разбойные рейды, которые, впрочем, не становились менее разрушительными, чем прежде. Идеалы распространения ислама, которыми ранее прикрывали простой разбой, теперь были отброшены и открылось истинное лицо мусульманского пиратства. Грабёж и захват чужого имущества — вот главная цель многочисленных морских разбойников, а религия — лишь ширма, прикрывающая этот бизнес.
Пример показал сам Улудж-Али. Сохранив свою голову преподнесением султану главного штандарта мальтийской эскадры, захваченного в сражении при Лепанто, он снова вернулся к прежним делам Более того, султан наградил его титулом капудан-паши.
Новое звание обязывало заняться восстановлением потрёпанного турецкого флота, и вскоре на верфях было построено даже больше галер и галеасов, чем турки потеряли в битве. Улудж-Али учёл печальный опыт, и теперь все турецкие корабли получили тяжелую артиллерию и огнестрельное оружие для абордажных команд К лету 1572 года было готово 250 галер, не считая множества мелких судов. Этого было достаточно для реванша за поражение при Лепанто. Однако по разным причинам, несмотря на то что оба флота снова встретились у берегов Морей, сражения так и не произошло.
Поскольку Улудж Али был занят морскими кампаниями в Адриатике, управление Алжиром было передано Ахмеду-паше. Между тем, воспользовавшись временным ослаблением турецкого флота, Хуан Австрийский провёл молниеносную операцию и в октябре 1573 года снова захватил Тунис Испанцы вновь рассекли турецкие владения в Северной Африке, отделив Алжир от Триполи. Селим II не мог допустить, чтобы испанцы и дальше расширяли свои владения за его счёт. Кроме того, в Европе сложилась коалиция против Испании, а война в Нидерландах отвлекала Филиппа II от североафриканских проблем.
