При царе Василии Ивановиче Шуйском в 1607 году Михаил Борисович «пожалован» боярином. Активно участвовал в военных действиях против войска Ивана Исаевича Болотникова. С конца 1607 года в должности воеводы находился в Смоленске. Во время польско-литовской агрессии возглавлял оборону Смоленска в 1609–1611 годах всего лишь с четырехтысячным гарнизоном.
3 июня 1611 года, будучи раненым и одним из немногих уцелевших защитников Смоленска, попал к полякам в плен. Его пытали, хотели казнить, но польский король, узнав о его героических действиях, проникся рыцарским благородством и помиловал. Однако возвратиться в Россию не разрешил, а вместе с семьей приказал отправить в Польшу в качестве пленника.
Находясь в плену, Михаил Борисович коротко сошелся с будущим патриархом Филаретом, отцом царя Михаила Федоровича. Вместе с ним и другими видными русскими боярами был возвращен в Россию в 1619 году при обмене пленными.
В 1620–1621, а также в 1625–1628 годах возглавлял один из сыскных приказов. С 1628 по 1632 год руководил Пушкарским приказом. Кроме того, в период с 1620 по 1632 год, пользуясь расположением патриарха Филарета и царя Михаила Федоровича, принимал участие в многочисленных дипломатических переговорах.
Во время русско-польской войны за Смоленск, в апреле 1632 года, был назначен командующим русской армией. После неудачной попытки взять у поляков Смоленск, попал в окружение. Среди воинских начальников возникли ссоры и раздоры. Войско страдало от холода, голода и болезней. Чтобы сохранить остатки войска, вступил в переговоры. Они закончились 15 февраля 1634 года капитуляцией и оставлением противнику 123 орудий, но сохранением воинской силы.
По возвращении в Москву Михаил Борисович Шеин Боярской думой был обвинен в измене, и по ее же приговору казнен 28 апреля. Царь вступиться за Михаила Шеина не пожелал. Как говорится, умыл руки. А покровителя — патриарха Филарета — уже не было. Умер годом ранее.
После Михаила Борисовича остался сын Иван, который хоть и бывал при царском дворе, но предпочитал держаться в тени, опасаясь участи казненного родителя. И только по истечении многих лет стал появляться при дворе.
Вот таковы были предки курского воеводы Алексея Семеновича.
Сам Алексей Семенович Шеин родился в 1662 году в семье царского стольника Семена Ивановича Шеина. В юном возрасте принимал участие в различных придворных церемониях. А в 1671 году присутствовал на свадьбе царя Алексея Михайловича и Натальи Кирилловны Нарышкиной — матери Петра Алексеевича. Когда в 1676 году преставился Алексей Михайлович, он участвовал в церемонии погребения.
