Однако, когда фаворит королевы разрешил наполеоновским войскам пройти через испанскую территорию, чтобы атаковать Португалию, многие испанцы сочли это чрезмерной поддержкой французов. Наполеон, отличавшийся глобальным видением войны, верил в эффективность континентальной блокады — союза всех стран континентальной Европы против Англии. Континентальной блокадой французский император намеревался задушить английскую промышленность, вызвать экономический хаос и добиться капитуляции Англии. Одной из целей континентальной блокады было не позволить Португалии оставаться традиционным союзником Великобритании.
Поддержка Испании позволила французским войскам беспрепятственно войти в Португалию. В то время как французы продвигались к Лиссабону, португальский королевский двор вместе со всей бюрократией переехал в Рио-де-Жанейро. Это имело важные последствия для Рио-де-Ла-Платы.
Профранцузская политика Годоя привела к народному восстанию в Аранхуэсе (летняя резиденция короля), в результате которого он ушел в отставку. Карл IV отрекся, и в марте 1808 г. на престол вступил его сын Фердинанд VII. Это вызвало недовольство Наполеона, потерявшего таких сговорчивых союзников, как Годой и Карл IV.
В мае того же года Наполеон принудил королевскую семью собраться в городе Байонна, где заставил Фердинанда VII вернуть корону отцу, который, в свою очередь, уступил ее Наполеону, а тот подарил ее своему брату Жозефу. В течение нескольких дней в Испании произошла смена династий: Бурбонов на королевском престоле заменила новая, плебейская и узурпаторская династия Бонапартов. Фердинанд VII был заточен в Баланса, замке Талейрана, а Карл IV с женой отправились в Италию вместе с Годоем.
В Испании от имени своего брата начал править Жозеф Бонапарт, опиравшийся на французскую армию. Это вызвало протест в испанском народе, который начиная с 1808 г. поднимал стихийные восстания по всей территории страны. Были организованы народные и региональные хунты (органы местной власти), а затем центральная хунта.
Международная обстановка изменилась. Испания, которая до этого воевала с Англией, объединилась с ней для борьбы с общим врагом Наполеоном. Войска бонапартистов потерпели несколько поражений в Испании, но после Ваграмской победы 1809 г., положившей конец войне с Австрией, Наполеон направил значительные подкрепления на Иберийский полуостров и сумел оккупировать большую его часть. Свободной осталась только Андалусия, где находилась хунта Севильи, фактически взявшая на себя полномочия остальных хунт.
