После этой кровавой чистки король мог править беспрепятственно, что и делал в соответствии с планами, демонстрирующими исключительные способности и политическую проницательность. Деятельность Жуана II проявилась особенно в трех областях: в административных преобразованиях государства, в дипломатических связях со многими странами Европы и в заморской политике. Одним из его первых решений было строительство замка Мина (1481), послужившего базой для разведки португальцами африканского побережья. Также в эту эпоху складывается план проникновения в Индийский океан вокруг южного побережья Африки.
Но последствия победы короля над знатью не выходят за пределы его короткого царствования. В 1491 г. вследствие падения с лошади умер наследный принц, инфант дон Афонсу. Этот факт выдвинул на первое место в наследовании короны двоюродного брата короля, Мануэла, герцога Бежи (сын инфанта Фернанду, который был братом Афонсу V). Мануэл же был братом герцога Визеу, одного из вождей знати, погибшего от рук Жуана П. Его вступление на престол могло означать восстановление власти крупных знатных фамилий. Жуан пытался помешать этому, начав в Риме хлопоты по законному признанию своего внебрачного сына дона Жоржи. Но противники короля были весьма сильны как внутри страны, так и вне ее. В признании было отказано, и, когда Жуан II умер (1495), герцог Бежи занял престол. Уже в 1496 г. Браганскии дом был восстановлен, и знатные эмигранты вернулись в Португалию.
Однако вскоре после этого португальские корабли прибыли в Индию. Теперь у короны появились ресурсы, полностью изменившие соотношение политических сил в стране.
В 1492 г. Католические короли[71] постановили в течение четырех месяцев под угрозой смертной казни изгнать иудеев из своих государств (Арагон и Кастилия). Многие из кастильских евреев нашли убежище в Португалии. Жуан II разрешил поселиться в стране наиболее богатым еврейским семьям в обмен на крупную денежную сумму. Однако произошло настоящее нашествие: беженцев оказалось около ста тысяч. Король разрешил им, тоже после уплаты определенной суммы с человека, оставаться в стране в течение восьми месяцев, а затем отправляться на все четыре стороны. Те, кто не мог платить, оказывались на положении рабов.
Большая часть беженцев осталась в Португалии, тем самым значительно увеличив и без того многочисленную еврейскую часть населения страны. Многих детей насильно отрывали от родителей и направляли обживать остров Сан-Томе; но мало кто из них выжил.
