В апреле 1385 г. собрались кортесы в Коимбре. Давление представителей конселью, возглавляемых юристом Жуаном даж Реграшем (пасынком Алвару Пайша), привело к провозглашению магистра королем, несмотря на противодействие присутствующих представителей знати, до последнего отстаивавших права инфанта Жуана. На этих кортесах было принято решение, чтобы королевский совет включал в себя по два представителя от каждого сословия: духовенства, знати, образованных (letrados) и горожан.
Между тем король Кастилии снова вторгся в страну с многочисленным войском, в которое входило большинство португальской знати. Войска двух королей встретились возле Алжубарроты 14 августа 1385 г. Действия Нуну Алвариша, уже назначенного коннетаблем, опять оказались решающими. Португальские войска, построенные квадратом, твердо выдержали натиск феодальной конницы и нанесли ей поражение, приведшее к радикальным политическим последствиям.
Также и в этом пункте версия Фруассара расходится с изложением португальского хрониста и содержит ценное объяснение этой военной победы, которая иначе могла бы показаться удивительной. Согласно рассказу, который передает Фруассар, сражение состояло из двух боев, с продолжительным перерывом между ними. Атаку на португальское каре вели французские войска, действовавшие несогласованно с кастильскими. Когда они были разбиты и в подавляющем большинстве взяты в плен, кастильцы попытались, уже на закате солнца, отомстить за них и взять реванш. Также и в этом втором столкновении португальцы, воодушевленные победой над французами, взяли верх над разделенным и деморализованным противником. Данный текст объясняет многие детали, вызывавшие удивление наших военных историков и, вероятно, соответствует действительности. Он никоим образом не умаляет значения подвигов португальцев, хотя и безжалостно подчеркивает жестокость войны.
Власть Авишского магистра и независимость Португалии становятся с этого момента непреложным фактом. Война тянулась еще несколько лет, сводясь к небольшим приграничным стычкам; наиболее известным эпизодом является бой при Валверди (в районе Мериды), выигранный Нуну Алваришем. Мир был подписан в 1411 году.
