В 1350 г. в Кастилии разразился мятеж крупных феодальных сеньоров против короля Педро I. Вождем мятежа стал именно Хуан Альфонсо де Альбукерке, сын Афонсу Саншиша и таким образом сводный брат Инее де Кастро. Он наверняка пользовался своим влиянием на Инее, чтобы вовлечь инфанта Педру Португальского, который жил с ней как с женой, в гражданскую войну в Кастилии.
Жуан даж Реграш в своих знаменитых речах на кортесах в Коимбре объявил, что Афонсу IV за .три года до смерти Инее (то есть в 1351 г.) писал архиепископу Браги, находившемуся в то время при папском дворе, чтобы он убедил понтифика не давать разрешения на женитьбу принца Педру на Инее. Так вот, в этом письме есть прямое упоминание о маневрах Хуана Альфонсо де Альбукерке: «...некоторые родственники инфанта во второй степени родства в настоящее время совершают непозволительные вещи с нею». Под «непозволительными вещами» (coisa ndo licita) имеется в виду нечто незаконное, «совершать с ней» (cometer com ela) следует понимать как «предлагать через ее посредство». А родством во второй степени считалось то, которое связывало Хуана Альфонсо де Альбукерке и принца Педру, являвшихся детьми единокровных братьев.
Другое свидетельство того решающего значения, которое имела Инее де Кастро во всей этой политической интриге, — женитьба короля Кастилии на ее сестре, Хуане де Кастро. Быть может, он рассчитывал таким образом воспрепятствовать возможному вмешательству португальцев, перетянув семейство Кастро на свою сторону. Прямо в день свадьбы король дал развод супруге, так как узнал, что Альбукерке организовал новую лигу знатных сеньоров против него. В заговор входили два незаконнорожденных брата самого короля (один из них — Энрике де Трастамара, который позднее возглавил мятеж и убил Педро Жестокого, став новым королем). Развод с Хуаной де Кастро усугубил положение. Ее братья использовали португальскую территорию для войны с Педро Жестоким. В том же году (1354) Хуан Альфонсо де Альбукерке настойчиво предлагал португальцам союз с мятежниками: он послал в Португалию брата Инее де Кастро, чтобы предложить принцу Педру выступить претендентом на кастильскую корону, ввиду того что он является внуком короля Санчо IV (мать Педру, королева Беатриш, была дочерью Санчо IV). Педру выразил готовность принять это предложение, и только решительный запрет Афонсу IV помог избежать вовлечения страны в гражданскую войну в Кастилии.
Чтобы воспрепятствовать этому, Афонсу IV приказал казнить Инее де Кастро, которая была обезглавлена 7 января 1355 г. во дворце Санта-Клара в Коимбре в то время, когда инфант отсутствовал. Последний не смирился с решением короля и восстал против него. Долгие месяцы страну опустошали отряды инфанта, состоящие прежде всего из португальской и галисийской знати (к которой примкнул и Кастро). Они в течение двух недель осаждали Порту, стремясь захватить его богатства. Жители города оказали сопротивление, закрыв бреши в городских стенах вымпелами кораблей, стоявших на якоре в устье Доуру. Этот необычный эпизод, приведен в «Родословной книге графа Дона Педру», очевидно, показывает преданность народных масс делу короля.
