Другим напоминанием о политическом кризисе тех лет служит перемена, сделанная в королевском флаге Португалии: герб с пятью щитами (quinas) был окружен алой полосой с изображением замков. Это было феодальное знамя, которое граф Болонский должен был использовать во Франции: щиты напоминали о португальском королевском происхождении, замки означали родство с королевой-регентшей Франции, Бланкой Кастильской. Этот феодальный штандарт, применявшийся во время гражданской войны для различения с людьми короля, становится в дальнейшем, после победы графа Болонского, государственным флагом.
Победа революции означала возврат к политической линии на союз между королем и народными массами в общей борьбе с растущим влиянием привилегированных слоев.
Спустя небольшое время после окончания войны Афонсу III созвал кортесы, из актов которых явствует присутствие представителей городов и местечек, то есть сельской и городской буржуазии, поддержавшей нового короля в гражданской войне. Открытое упоминание об этом относится к кортесам в Лейрии в 1254 г., но почти наверняка можно говорить об участии народных представителей уже в кортесах 1250 г. в Гимарайнше.
В 1258 г. был дан приказ о начале королевских расследований, итоги которых послужили основой для широкомасштабных мероприятий по реорганизации управления. Злоупотребления знати в отношении вилланов были пресечены, усилены гарантии муниципальных свобод. Хроника 1419 г. говорит: «...поддерживал [король] свое хозяйство в большом порядке, а королевство в великой справедливости и спокойствии. И поправил дела страны, которая была в большом ущербе со времен его брата, короля дона Саншу Капелу[64]».
Афонсу III умер в 1279 г., но политический курс не менялся и в первую половину царствования его преемника, Диниша I. Когда последний взошел на трон, ему пришлось столкнуться с оппозицией части знати, возглавленной братом короля, оспаривавшим у него власть. Но Диниш I всегда был достаточно силен, чтобы подавить выступления мятежных сеньоров (1281, 1287 и 1299), которые не встречали никакой поддержки населения. Наоборот, во время одного из их наступлений им пришлось столкнуться с противостоянием со стороны «коммун всей нашей земли»; это было сражение, получившее известность как «бой при Алфаятиш» в 1287 г.
Обстановка политического мира отразилась на общем развитии страны, в экономической сфере, в совершенствовании административного аппарата государства и в культурном прогрессе. Первая и вторая половины XIII в. очень разные по своим историческим характеристикам периоды. Первый — это время междоусобной борьбы и засилья знати, второй — фаза исключительного прогресса, отмеченная социальным и политическим равновесием.
