Видное место в философии Д. Кантемира занимают вопросы онтологии, которые он рассматривает главным образом в своих ранних работах— «Хвала Ван Гельмонту» и «Метафизика». Вторая, главная в этом отношении работа характеризуется самим автором как «теолого-физика», т. е. натурфилософия (см. 11, 15; 24). Перенесение рассмотрения онтологических вопросов из метафизики («Диван…») в натурфилософию свидетельствует о попытке мыслителя (как и многих его современников) найти разгадку сущности бытия не в сфере сверхъестественного, а на пути изучения природы. Решение Кантемиром онтологических вопросов тесно связано с его пониманием античной философии, средневекового аристотелизма, а также некоторых натурфилософских учений Нового времени.
В «Метафизике» с позиции непримиримого теологизма Кантемир отвергает всю античную культуру, в том числе философию, которая представляется ему порождением «чувственной науки», «язычества», творением развращенного, отдалившегося от бога человека. Предметом резкого осуждения с его стороны становится философия Аристотеля, которого он называет «отцом языческой темноты» (11, 177). С точки зрения Стагирита, как известно, в основе образования материальных вещей лежат два принципа: бескачественная и пассивная материя и активная форма, существующая до возникновения какой бы то ни было вещи. Именно благодаря форме материя, представляющая собой возможность, становится вещью, действительностью. Материя, точнее, первоматерия наделена двумя парами противоположных, взаимоисключающих свойств, «первичных качеств» — теплого и холодного, сухого и влажного, комбинация которых дает четыре основные стихии, или элемента: огонь, воздух, воду и Землю. Каждое сложное тело образовано из этих четырех стихий, взятых в различных пропорциях; небесные тела состоят из эфира.
Возражая Аристотелю, Кантемир заявляет, что затратил много трудов в поисках Аристотелевых принципов естественных вещей, но не смог найти их, как не смог найти «ни формы, ни способности изменять субъекты» (11, 88–89).
Резкой критике подвергает Кантемир и античных «физиков», отрицавших идею сотворения мира, полагавших, «что форма едина и единственна», что она субстанциальна и, «проистекая изнутри материи… является сочетанием не элементов, а качеств ее» (11, 267). В действительности, полагает Кантемир, «нет… материи, производящей формы изнутри, где ничего заранее не было приготовлено… Если бы дело обстояло иначе, то принцип формы обязательно существовал бы прежде в материи, а принцип материи — в форме, что значит предполагать один и тот же принцип; следовательно, имеющееся на этот счет мнение отпадает» (11, 89).
