В ведении Скляева оказалось настолько обширное судоподъемное хозяйство, что для осмотра и ремонта камелей потребовалось оборудовать специальный эллинг, на который можно было бы их поднимать. По разработанному Скляевым чертежу машинный мастер Туволков оборудовал нужный эллинг на реке Фонтанке у Калинкина моста. Этот скляевский эллинг стал первым отечественным специализированным судоподъемным предприятием.
Федосей Скляев был первым хранителем чертежей и моделей „государевых" кораблей. По приказанию Петра еще в Воронеже при адмиралтейском дворе он оборудовал специальную модель-камору, которая позднее, в 1709 г. была перевезена в Санкт-Петербургское Адмиралтейство. Как указывалось, эта „камора" положила начало созданному позднее Морскому музею.
Как грамотный и опытный кораблестроитель он был также одним из наиболее сведущих отечественных специалистов судостроительного производства, которого Петр неоднократно привлекал для участия в создании новых верфей и иных предприятий. Весной 1705 г. Скляеву было поручено определить место в устье реки Тавровки, впадавшей в реку Воронеж, где наиболее целесообразно начать строительство Тавровского адмиралтейства.
Отправляя Скляева, Петр передал ему „Меру местным корабельным докам и сколько оных" следует построить. Скляев выбрал удобное место и стал руководить работами по постройке там одиннадцати доков с батопортами, в чем ему помогал „мастер разных художеств" Анисим Моляров. Одновременно там же Скляев начал строить новую пильную водяную мельницу (лесопильный завод) и донес Петру: „Доковое дело зачалось путно и место перед прежним дивное и от устья недалеко".
В 1709 г. царь вызвал в Азов Скляева и Молярова. Втроем они обсудили возможность создания судостроительной верфи в этом портовом городе-крепости. Петр согласился с рядом доводов Скляева, утверждавшего, что целесообразнее и удобнее создать верфь не в Азове, а в Таганроге. После Полтавской битвы Петр направил Скляева организовать строительство такой верфи в устье речки Осереда, впадающей в Дон, где было решено строить новые корабли для Азовского флота. На создании этой верфи работало три тысячи шведских пленных солдат. Немало усилий затратил Федосей Скляев также на реорганизацию верфи в Брянске и постройку на ней различных военных судов для укомплектования Днепровской флотилии.
По инициативе Скляева был разработан и утвержден Адмиралтейств-коллегией первый в практике отечественного кораблестроения штат рабочих команд для каждого корабельного мастера. Этим штатом устанавливали число подмастерьев, учеников различных разрядов, вводился корабельный комендор, которому поручалось возглавлять рабочую команду и ведать вооружением строящегося корабля. Был утвержден принцип дифференцированного подхода к определению общей численности команды в зависимости от квалификации корабельного мастера.
