При сложившихся со временем принципах пополнения «Собрания», когда источники издавались и по копиям, изготовленным разными лицами, из других хранилищ, было бы трудно ожидать в этом издании полного единообразия передачи текстов, отсутствия ошибок и неверно прочитанных мест подлинников даже в пределах отдельных частей. В тех случаях, когда издатели имели перед собой подлинники источников, их тексты воспроизводились в соответствии с выработанными правилами. Если же в распоряжении ученых находились лишь копии, приходилось целиком полагаться на их точность. В некоторых случаях Комиссия, имея несколько списков одного документа, пыталась исправлять на их основе ошибки в основном публикуемом списке.
Все это отнюдь не снизило научного значения «Собрания», куда вошло более 1000 документов XIII–XVII вв., касающихся практически всех наиболее интересных событий русской истории этого периода. Среди них — чины царского венчания, крестоцеловальные, жалованные, уставные, таможенные грамоты, документы земских соборов. Особенно обильно представлены документами периоды царствований Ивана Грозного, Лжедмитриев и начало царствования Романовых. Династическая борьба, войны, колонизация Сибири, проникновение в Прибалтику, борьба против золотоордынского ига, развитие торговли и многие другие вопросы с выходом «Собрания» получали солидное документальное освещение.
Подавляющая часть всех этих материалов издана впервые. В «Собрании» тщательно воспроизведены печати подлинников, подписи на них, приведены сведения о материале грамот, приложены географический и именной указатели (только к четырем частям) и палеографические таблицы почерков разного времени. Иностранные тексты печатались на языках подлинников с переводом на русский язык (использовались либо современные документам переводы, либо переводы, сделанные позже по указанию Коллегии иностранных дел). Обоснованными оказались и поиски правил воспроизведения текстов документов, а также хронологический принцип их систематизации (исключением стала вторая часть, включавшая и более ранние документы по сравнению с изданными в первой части). Несмотря на недостатки (отсутствие в легендах каких-либо исторических примечаний, указаний на места хранения документов, не имевшихся в Московском архиве Коллегии иностранных дел, на предшествующие публикации), издание «Собрания» стало выдающимся событием в истории русской исторической науки начала XIX в. Своего научного значения оно не потеряло и до настоящего времени.
