Войны продолжались несколько лет с переменным успехом. Джованни не блистал как полководец. А в 1497 году он был убит при таинственных обстоятельствах. Известно лишь, что на один из пиров за ним явился человек в маске. Джованни охотно пошел с ним — и исчез. Потом некий рыбак увидел, как ночью всадники сбросили тело в Тибр. И в реке действительно обнаружился труп зарезанного Джованни Борджиа. В том же году Цезарь снял с себя сан кардинала, чтобы возглавить войско Римского Папы.
В 1499 году Цезарь Борджиа совершил визит во Францию, к Людовику XII, который сменил скончавшегося Карла VIII. Цезарю было поручено привезти очень важное для Людовика папское разрешение на развод. Но встреча имела и крупные политические цели. С молодым королем были связаны надежды на то, что Франция перестанет быть столь враждебна Италии и опасность с севера уменьшится.
Цезарь Борджиа красиво обставил свое вступление в Париж. По улицам шли 24 белых мула, нагруженных дарами королю. Рядом слуги вели под уздцы 16 чистокровных коней в серебряной сбруе. Ходили разговоры о том, что конь Борджиа подкован золотом. Народ надеялся даже, что одна из золотых подков останется на мостовой. На самом Цезаре была кольчуга из тонких золотых листьев и золотая герцогская цепь с бриллиантовым украшением, хотя он только еще должен был получить титул герцога из рук короля Франции.
Произвести впечатление удалось. Людовик XII обещал Папе Римскому дружбу. Правда, продолжалась она недолго. Итальянские войны завершились только в 1559 году знаменитым Като-Камбрезийским миром, который зафиксировал преимущество в Италии Испании, а не Франции.
Но пока Цезарь Борджиа получил от французского короля военную поддержку — 2000 всадников и 6000 пехотинцев — для поддержания порядка в Папской области и покорения области Романья. Такова была первая цель Александра VI — создать крепкое ядро в центре Италии, чтобы потом всю ее объединить под эгидой папства.
Кроме того, Цезарь нашел во Франции невесту, сестру короля Наварры Шарлотту д’Альбре. Состоялась пышная свадьба. Молодые супруги провели вместе несколько месяцев. У них родилась дочь Луиза Борджиа. После отъезда Цезаря Шарлотта больше никогда его не видела, но всегда хранила добрую память о нем.
А он вернулся в Рим, к своей мечте — создать на базе папства сильное итальянское государство. В сражениях 1499 года он проявил ценные полководческие качества, и прежде всего стремительность. Его армия один за другим захватывала города в Романье. Те, которые сдавались добровольно, Борджиа запрещал грабить.
