Мальчик был рожден любовницей кардинала Родриго Борджиа Ванноццей деи Каттанеи. Ее муж, скромный писец папской канцелярии Джорджио делла Кроче, спокойно относился к роману жены и не возражал против того, чтобы в семье жили дети от кардинала. Позже, в возрасте 56 лет, Родриго Борджиа бросил прежнюю любовницу и завел новую, 16-летнюю красавицу Джулию Фарнезе.
Род Борджиа восходил к XI веку, к королевской династии Арагона. В XIV веке фамилия достигла расцвета. В роду было два Римских Папы — Каликст III и Александр VI — и даже один святой, генерал Ордена иезуитов Франсиско, живший в XVI и канонизированный в XVII веке. При этом многие Борджиа прославились как злодеи-отравители. Известность приобрели участвовавшие в политической жизни братья Цезаря Джованни и Джоффре. Многие века окружена шлейфом страшных мифов их сестра Лукреция Борджиа. Правда, сейчас уже понятно, что она была не просто злодейкой, но и жертвой ужасных обстоятельств.
Надо сказать, что у Чезаре не сформировалось мучительного комплекса бастарда. В 1480 году, когда ему было пять лет, могущественный кардинал Родриго Борджиа добился, чтобы Папа Римский Сикст IV выдал грамоту о законности происхождения Чезаре. Мальчик стал официальным сыном кардинала.
Все детство Чезаре был осыпан золотым дождем. С шести лет он получал доходы от монастыря в Валенсии, куда его записали папским нотариусом. Вспоминается пушкинский Петруша Гринев: «Матушка была еще мною брюхата, как уже я был записан в Семеновский полк сержантом…»
Когда мальчику исполнилось восемь лет, он был назначен пробстом — заместителем епископа области Альбы и тогда же — казначеем картахенской церкви. Это была типичная синекура — должность, на которой человек просто числится и имеет хороший доход.
Чезаре отличался от братьев и сестер тем, что ему нравилось учиться. С 15 лет он обучался в университете в Перудже, затем в Пизе. Осваивал древние языки, ораторское искусство, каноническое право. Назначения тем временем продолжались. Будучи студентом Пизанского университета, 17-летний юноша сделался генеральным нотариусом церкви и епископом Памплонским.
После каждого очередного повышения Чезаре вежливо благодарил отца — и продолжал учебу. Его диссертация была посвящена каноническому праву и признана в университете одной из лучших.
В 1492 году произошло наконец то великое событие, к которому давно рвался кардинал Родриго Борджиа, — он стал Римским Папой Александром VI. Он вошел в историю как зловещая фигура и особенно прославился как отравитель: все боялись «белого порошка Борджиа».
