Деятельность Иннокентия III не ограничивалась расширением Папской области, энергичной дипломатией и организацией крестового похода. Он был занят также поддержкой всего чистого, благородного, святого в церковной жизни. В 1209 или 1210 году к нему явился подлинный святой — Франциск Ассизский со своими 12 учениками. Они просили поддержать идею создания Ордена чистоты, в котором должно было быть восстановлено истинное христианство. Иннокентий III встретил Франциска неласково. Он недолюбливал людей, независимых в своих взглядах. Да и выглядел святой очень необычно. По-своему понимая аскезу, отрешение от всего земного, Франциск ходил нестриженым и грязным. Возмущенный его внешним обликом, Папа посоветовал ему пойти поваляться среди свиней. Он не понимал, с кем имеет дело. А Франциск Ассизский ушел на некоторое время, вернулся в еще более ужасном виде и смиренно сказал: «Ты повелел — я выполнил, я побыл среди свиней. А теперь и ты услышь мою просьбу». Иннокентий не был глуп. Он понял, что об этой встрече будут говорить и даже писать. Поэтому он сразу же показал, что устыдился. Он заявил, что одобряет создание Ордена, но вынужден пока отложить утверждение его устава. Идея борьбы за чистоту нравов внутри католической церкви была близка Иннокентию III, но святость Франциска оказалась ему недоступна. Поэтому он и дал типичный ответ политика и бюрократа.
В 1212-м произошло еще одно событие, оставившее на репутации Иннокентия III позорное пятно, — Крестовый поход детей. Говорилось, что на Восток должны отправиться дети, потому что их души чисты и перед ними рухнут мусульманские препоны. Хронист писал: «…Неисчислимое множество паломников, бедных людей обоего пола и детей из Тевтонии и других стран, побуждаемых тремя отроками 12-летнего возраста, приняли знак креста в области Кельна и говорили, что им было видение…» Иннокентий III не был главным вдохновителем этого безумного деяния. Оно стало проявлением неблагополучия, царившего в Европе из-за перенаселенности и голода. По словам одного из хронистов, «голод доходил до того в отдельных областях, что матери поедали своих детей». Тех, кого все равно нельзя было прокормить, оставалось только отправить в Крестовый поход.
Но и в Крестовом походе дети умирали от голода и болезней, их захватывали пираты и продавали в рабство. Увидев, что происходит, Иннокентий III успел позаботиться о своей репутации. Он остановил часть юных крестоносцев и вернул их в Европу.
