Католическая церковь утратила авторитет, в Европе плодились ереси, которые угрожали могуществу Римского престола. В XII — начале XIII веков на юге Франции и на севере Италии распространилась ересь катаров, которые сразу поставили себя в оппозицию Риму утверждением, что Церковь должна жить в бедности, а не в роскоши. На этом основании они часто грабили монастыри и аббатства, что, без сомнения, не могло не вызвать негодования католических епископов. Для борьбы с еретиками в 1215 году был создан особый церковный суд под названием «Инквизиция». Его главой был назначен испанец Доминик де Гусман, в будущем объявленный святым. В 1222 году папа Григорий IX отправил в Южную Францию первые отряды инквизиторов, которым предоставлялась власть самостоятельно расследовать деятельность тамошних еретиков, конфисковывать их имущество, а их самих сжигать.
Постепенно перечень задач Инквизиции расширялся: с конца XV века в ее компетенцию начинают входить суды над ведьмами. Процессы над колдунами имели место еще во времена Меровингов: Григорий Турский, рассказывая о событиях конца VI века, описывает сожжение сначала одной колдуньи, якобы вызвавшей смерть двух королевских сыновей, а через три года, когда умер и третий сын короля, на костер было отправлено сразу несколько женщин. Но этим дело и ограничилось.
В IX веке разразился еще один громкий процесс: старшие сыновья короля Людовика Благочестивого обвинили в колдовстве его вторую жену — красавицу Юдифь. Ее подруга и доверенное лицо Герберга была обвинена в малефиции и венефиции, т. е. в учинении ущерба и яда, и была брошена в реку Саону. Саму красавицу-королеву несколько лет продержали в заключении в монастыре, но в конце концов она сумела оправдаться и добиться королевских привилегий и земельных наделов для своих детей.
В X и XI веках тоже периодически случались процессы над колдунами и ведьмами. Священники, вожделевшие красивых женщин, обвиняли тех в колдовстве и бедняжек сбрасывали с городских стен, вешали, жгли или топили, часто даже не по официальному приговору, а по самосуду толпы. Так в 1090 году во Фрейзинге, из-за конфликта с епископом, суд некоторое время совершенно бездействовал, и заподозренные в колдовстве три женщины были подвергнуты толпой испытанию водой. Испытание не дало положительных результатов и женщин подвергли испытанию плетьми. Под пыткой все трое отрицали свою вину, но слухи о коварстве преступниц взбудоражили жителей не только Фрейзинга, но его окрестностей, женщины вторично подверглись наказанию плетьми, и в конце концов их живьем сожгли на берегу реки Изара.
