Лишившись наследника, Амаласунта предложила стать королем своему двоюродному брату, Теодахаду из Тусции. Едва лишь он был коронован, как немедленно приказал арестовать свою благодетельницу и заточить ее на уединенном острове озера Больсена. Оттуда свергнутая королева написала императору Юстиниану, прося его об убежище. Василевс дал свое согласие. Но Прокопий Кесарийский утверждает, что Феодора была против этого: мол, василиса встревожилась, узнав, что красивая и очень умная женщина просит приюта в Константинополе. Ревнуя мужа, она дала строгий наказ послам всячески препятствовать отъезду Амаласунты. В результате этого промедления дочь короля была убита своей сестрой: ее заперли в горячей бане и уморили горячим паром и угарным газом.
Иоанн Малала:
«В июле месяце того же индикта был такой страшный гром и молнии, что от них пострадали люди, которые в это время спали. Откололась тогда и часть колонны в Ксиролофе.
28-го числа того же месяца десятого индикта скончалась августейшая Феодора».
Феодора умерла в 548 году после продолжительной болезни, как полагают, от рака. Она была похоронена со всеми императорскими почестями в церкви Двенадцати апостолов в Константинополе. Юстиниан после смерти жены более не женился. Давая торжественные обещания, он клялся ее именем, которое он увековечил в названиях многих городов Византии.
Сразу после смерти василиса была объявлена святой — блаженной и доныне почитается в православной церкви. Однако надо признать, что нет никаких точных данных, что она действительно была православной: блаженная василиса, скорее, принадлежала к монофизитам.
До нас дошли аутентичные прижизненные изображения Феодоры и Юстиниана, выполненные талантливыми мастерами. Они очень точно передают облик этой четы. Наиболее знаменита мозаика в баптистерии Сан-Витале в Равенне. Императрица с супругом изображена на двух панно, в тот момент, когда они подносят дары храму. Оба — в парадных уборах, окружены царедворцами. Их головы окружают нимбы.
