24 августа 1859 г. Муравьев-Амурский пересел на пароходо-корвет «Америка» и ушел в Хакодате. Капитану 1-го ранга Унковскому на фрегате «Аскольд» было поручено оставаться на рейде Токио до 15 сентября и проконтролировать ход расследования. На борт фрегата сразу прибыли высшие сановники и в присутствии всего экипажа попросили извинения за трагический случай, сообщив, что губернаторы Иокогамы Мицио-Тсикокгоно-Ками и Като-Икино-Ками лишились должности.
Крайний срок поимки преступников Унковский назначил на 12 сентября. Начиная расследование, Попов в сопровождении японского чиновника, присланного из Токио, отправился на корвете «Новик» в Канагаву. Осмотрев место преступления, Попов предложил губернатору закрыть все лавки, но тот ответил, что не имеет права этого делать без приказа из Токио да и не хочет лишать народ последних средств к существованию. На просьбу отобрать у японцев оружие он также не согласился, так как наличие меча является для самурая обязательным и является его отличительной особенностью. Все, что мог сделать губернатор, это дать согласие на ношение оружия русскими во время их съезда на берег.
Несмотря на энергичные розыски, установить личности убийц не удалось. Японские власти предложили казнить полицейского чиновника, который дежурил в это время в Йокогаме, но Унковский, конечно же, отверг эту идею. Задерживаться в Японии дольше русские корабли уже не могли. Перед тем как 17 (29) сентября 1859 г. сняться на фрегате «Аскольд» в Кронштадт, Унковский обязал правительство Японии найти преступников и казнить их.
Этот трагический случай вызвал много противоречивых откликов. Английский консул обвинил во всем губернатора, не сумевшего организовать быстрое расследование, но американский консул, напротив, считал, что губернатор сделал все возможное, чтобы обнаружить преступников. Иностранная пресса обвинила во всем японские радикальные крути, заинтересованные в нагнетании политической обстановки.
17 ноября 1859 г. газета «Таймс» писала: «Вчера один пьяный японский офицер размахивал шпагою (с толстой рукояткой и лезвием наподобие бритвы), заявляя, что он желал бы срубить голову русскому. И что же сделали? Он был очевидно опасен, и его оттащили в сторону на почтительное расстояние длинным шестом с крюком и обезоружили, но только для того, чтобы он отправился домой». Еще одно свидетельство того, что отношение к иностранцам в Японии было далеко не всегда дружественным.
