На последней встрече с представителями бакуфу им передали четырех японцев, привезенных из России. После продолжительного допроса они встретились с представителем Сендайского княжества, специально приехавшим за своими земляками. В декабре японцев отправили под конвоем в Эдо, где их принял в своей резиденции даймё. Более сорока дней их расспрашивал ученый Оцуки Гэнтаку и на основании бесед закончил в 1807 г. сочинение «Удивительные рассказы о далеких морях».
Неудачу дипломатической миссии Резанова объясняют по-разному. Одни считают, что виной всему горячность и высокомерие русского посланника; другие винят Деффа, директора голландской фактории, который опасался русской конкуренции и втайне употреблял все усилия, чтобы помешать русским завязать дипломатические и торговые сношения с Японией. Эта версия, кстати, не лишена оснований. Позднее В. М. Головнину довелось случайно познакомиться с письмом, в котором сообщалось, что голландским переводчикам «удалось дело это кончить хорошо, и склонить японцев на такое мнение о России, что они выслали Резанова, дав ему ответ, который, вероятно, отучит русских ходить в Японию».
По выходе из Нагасаки «Надежда» направилась к Корейскому проливу, держась вблизи берегов и определяя географическое положение приметных пунктов. Моряки исследовали часть Корейского пролива между Японией и островом Цусима, лежащим посредине, и назвали ее проливом Крузенштерна. В Нагасаки Крузенштерн предпринял меры к поиску карт северной части Японского архипелага и каких-либо сведений об этой местности. Особенно его интересовал остров Карафуто. Оказалось, что так японцы называли южную часть Сахалина. Не имея под рукой точных данных о названиях некоторых географических объектов, мореплаватель присвоил им русские имена. Во время этого плавания Крузенштерн не заходил в Хакодате, который, вероятно, тогда представлял собой совсем небольшую деревеньку. «Южный берег Иесо, — писал мореплаватель, — представляет большую противоположность Японии. Даже и близ города Матсумая не приметили мы нигде таких нив и насаждений, какие представляются в Японии повсюду, где даже и вершины каменистых гор покрыты оными».
На первый взгляд, многомесячная стоянка шлюпа «Надежда» в Нагасаки окончилась неудачей, ничего не дав России. На самом же деле это не так. Недаром говорят, что отрицательный результат также можно считать достижением. Впервые представители России и Японии встретились на государственном уровне. Тогда же встал вопрос о будущей границе между двумя странами. Во время этих непростых переговоров русские и японцы лучше узнали друт друга и стали немного ближе. Заметно продвинулась Россия и в изучении Японии и ее народа.
