После гибели отца вся власть оказалась в руках матери Митридата, принцессы из рода Селевкидов, и, судя по всему, она с ней расставаться не собиралась. Не исключено, что регентша имела план, как избавиться от собственного сына, поскольку опекуны, которых она к нему приставила, явно не желали царевичу добра. Примеров подобного отношения матерей к своим детям в то время можно было найти немало, смогла же царица Каппадокии Лаодика из своих шестерых детей отравить пятерых. Юстин дал очень красочное описание того, как проходило детство будущего владыки Азии: «Будучи мальчиком, Митридат страдал от коварных замыслов своих опекунов: они сажали Митридата на дикого коня, заставляли его ездить на нем и в то же время метать копье. Когда эти попытки ни к чему не привели, так как Митридат был не по возрасту искусен в верховой езде, то они пытались его отравить. Но Митридат, опасаясь отравы, постоянно принимал противоядия». В науке об отравляющих веществах Митридат настолько поднаторел и так приучил к ядам свой организм, что когда в конце своих дней решил добровольно уйти из жизни, то яд на него не подействовал. Но помимо отравления есть много других средств отправить человека к предкам, и, чтобы спасти будущую надежду Понта, было решено вывести царевича из дворца. О том, что происходило с Митридатом после бегства из дворца, рассказал тот же Юстин: «Опасаясь, как бы его недруги железом не совершили того, чего не могли сделать ядом, Митридат притворился увлеченным охотой. В течение семи лет он ни одного дня не провел под крышей ни в городе, ни в деревне. Он бродил по лесам, ночевал в разных местах на горах, так что никто не знал, где он находится. Он привык быстро убегать от диких зверей или преследовать их, а с некоторыми даже мерился силами. Таким способом он и козней врагов избежал, и тело свое закалил для перенесения доблестных трудов». Если присмотреться, то можно увидеть, что подобное уже происходило с другим великим царем древности — Киром Великим, который также скрывался от своих врагов, долгие годы прожив в горах, в хижине пастуха, а затем вернулся в блеске славы и расправился с недругами. А. И. Немировский выдвинул версию о том, что все эти годы Митридат скрывался на Боспоре Киммерийском, но Е. А. Молев считает, что этим местом была Малая Армения: «Царь Малой Армении Антипатр, не имеющий, по-видимому, собственных прямых наследников, вскоре принял Митридата под свое покровительство. Он позаботился о его воспитании, а когда Митридат достиг совершеннолетия, помог ему вернуть власть в отцовском царстве. При этом он добровольно передал ему и свои владения. В результате этой поддержки Антипатра Малая Армения сохраняла особое положение в составе Понтийского царства в течение всего правления Митридата Евпатора. В отличие от других районов, захваченных им в разное время, которыми управляли наместники из числа “друзей царя”, Малой Арменией перед первой войной против Рима управлял сын Митридата — Аркафий».
