По направлению к востоку из-за усиления континентальности климата ландшафты и структура высотной зональности изменяются. Это изменение прослеживается уже в Гармской области, занимающей срединное положение внутри горной системы.
В долинах Гармской области, расположенных на высоте 1000–1500 м, распространена полынно-эфемеровая полупустыня на темных сероземах и темно-серых сухостепных почвах. На каменистых склонах развита ксерофитная древесно-кустарниковая растительность. Выше на склонах хребтов располагаются пырейные степи с пятнами кустарниковых зарослей из экзохорды на западе области и шиповника с желтыми цветками на востоке.
В начале лета в степях цветет масса красных маков. Темно-серые сухостепные почвы сменяются под кустарниковыми зарослями горными коричневыми почвами, которые переходят и в следующую высотную зону – разнотравных горных степей и древесно-кустарниковой растительности, аналогичную лесолуговостепной зоне Тянь-Шаня, особенно Юго-Западного. Эта зона занимает склоны хребтов в пределах от 1800–2000 до 2600–2800 м. Здесь распространены заросли миндаля (в нижнем поясе), экзохорды и розарии. Из древесных пород важнейшие – грецкий орех, растущий только на западе области, и клен, проникающий несколько дальше к востоку. Выше, на каменистых склонах, господствует арча, которая на западе примешивается также к клену и экзохорде. На востоке области древесные заросли представлены в основном арчовниками; по берегам рек и ручьев встречаются ивовые и тополевые рощицы.
На высотах 2800–3000 м развито очень своеобразное субальпийское высокотравье, в котором господствуют крупные зонтичные, – прангос, по-таджикски – юган; ферула, или камоль, выделяющаяся величиной соцветий и толщиной стебля (6–8 см); очень распространен и иксиолирион, по-таджикски – севчок, с красивыми голубыми цветками, собранными в соцветия, похожие на гигантские свечи. Заросли трав здесь намного выше человеческого роста. Голова всадника едва поднимается над ними, а лошадь, продираясь сквозь эти заросли, совсем в них утопает. На полянах среди высокотравья встречаются пионы с обильными крупными цветками красивого ярко-красного цвета. Багряные пионы, нежно-голубые соцветия иксиолириона, высокие горные хребты в отдалении с их иными лугами и сверкающими на солнце снегами – все это создает пейзаж неповторимой красоты.
Выше по склонам (с высоты 3000 м) поднимаются злаковые разнотравные субальпийские луга на горно-луговостепных почвах. В альпийском поясе распространены луково-низкотравные луга по щебнистым склонам и ковровые низкотравные луга на мелкоземистых грунтах. Выше 3600–4000 м располагается гляциально-нивальная зона.
