В 1938 году на смену «демократическим процедурам» в общинах был введён «теократический порядок», в соответствии с которым прежняя коллегиальная структура управления общинами Свидетелей Иеговы заменялась их единоличным управлением со стороны надзирателя, назначаемого Руководящим советом.
Характерной особенностью данного периода истории Свидетелей Иеговы было усиление противостояния с государством, а также с другими религиозными организациями, нашедшее своё богословское обоснование в том, что в 1929 году Руководящий совет выступил с новым толкованием понятий «высшие власти» и «начальствующие», употребляемых в 13 главе Послания апостола Павла к Римлянам. Новая теологическая трактовка состояла в том, что эти понятия относятся не к государственной власти, а исключительно к Богу Иегове и Иисусу Христу (тем самым признавалось, что земные власти фактически подчиняются Сатане).
Богословским обоснованием необходимости усиления критики других религиозных организаций стало утверждение, что «религия» — это ложная форма поклонения Богу, придуманная Дьяволом. Одним из основных мотивов в выступлениях Д. Рутерфорда было противопоставление «религии» и христианства. В те годы Свидетели Иеговы не называли своё учение «религией» и лишь позднее стали применять этот термин и для обозначения своей организации.
Начало Второй мировой войны вызвало у многих Свидетелей Иеговы, в том числе и у Д. Рутерфорда, усиление эсхатологических ожиданий. Как отмечалось в «Сторожевой Башне» в 1941 году, Д. Рутерфорд действительно верил, что до Армагеддона остались немногие месяцы[67].
В то же время утверждения о близости Армагеддона носили характер предположений, а не пророчеств. Со времен Ч. Рассела, предсказывавшего определённые даты исполнения тех или иных библейских пророчеств, Общество Сторожевой Башни проделало определённую эволюцию в развитии своей теологии и перестало указывать конкретные «времена и сроки» исполнения библейских пророчеств.
Реформы организационной структуры, предпринятые по инициативе Д. Рутерфорда, а также новые теологические установки, вызывали протест у части верующих, которые покидали религиозную организацию Свидетелей Иеговы. Однако в целом новая организационная структура, нацеленная на широкую миссионерскую деятельность, показала свою эффективность и обеспечила существенный рост численности верующих в течение третьего периода истории религиозной организации Свидетелей Иеговы. К 1941 году численность Свидетелей Иеговы превысила сто тысяч, составив 109 371 человек в 107 странах
