В условиях войны все государственные структуры, партийные и другие общественные организации, промышленность и сельское хозяйство работали с величайшим напряжением сил для достижения скорейшей победы над врагом. Свой вклад в победу внесли и органы государственной безопасности Советского Союза. Разведка и контрразведка активно участвовали в организации и сплочении антифашистского подполья, оперативно-боевых и разведывательно-диверсионных групп, партизанского движения на временно оккупированной врагом территории, осуществляли охрану тыла действующей армии, другие функции обеспечения внутренней и внешней безопасности Родины.
Тысячи сотрудников НКВД — НКГБ — СМЕРШа погибли на фронте, при выполнении оперативных заданий в тылу врага, участвуя в партизанском движении, сотни замучены в застенках гестапо, убиты фашистскими карателями.
Петр Иванович служит в военной контрразведке на руководящих должностях: заместитель начальника 3-го отдела ОО НКВД ЗакВО с мая по октябрь 1941 г., заместитель начальника Особого отдела НКВД Крымского фронта с 28.01.1942 г. по 19.05.1942 г., заместитель начальника ОО НКВД Черноморской группы войск с 03.09.1942 по декабрь 1942 г., начальник Управления контрразведки СМЕРШа 47-й армии с января 1943 г. по 29.04.1943 г., начальник Управления контрразведки СМЕРШа Юго-Западного фронта с 29.04.1943 г. по 17.11.1943 г. С 17.11.1943 по 27.06.1945 г. — руководит контрразведкой СМЕРШа 3-го Украинского фронта.
28.01.1942 года П. И. Ивашутина назначают заместителем начальника военной контрразведки нового, только что образованного Крымского фронта. В составе 44-й, 47-й и 51-й армий, находившихся на Керченском и Таманском полуостровах и в районе Краснодара. Командованию фронта были также подчинены Севастопольский оборонительный район, Черноморский флот, Азовская военная флотилия, Керченская военно-морская база, Северо-Кавказский ВО.
Представитлем Ставки на фронт прибыл генерал Л. Мехлис.
С 27 февраля по 13 апреля 1942 г. войска Крымского фронта трижды проводили наступательные операции с целью оказать помощь войскам Севастопольского оборонительного района, но были вынуждены перейти к обороне.
С 25 декабря 1941 по 2 января 1942 года на занятый противником Керченский полуостров был высажен с кораблей Черноморского флота и Азовской военной флотилии, а также по льду замерзшего Керченского пролива крупный десант войск Закавказского фронта. В его составе находилось около 42 тысяч человек, 43 танка, свыше 450 орудий и минометов. Цель операции — уничтожение керченской группировки противника и освобождение Крыма.
