Долгое время ученые считали, что между вирусами и «настоящими» живыми организмами, такими как бактерии, простейшие, растения, животные и грибы, лежит непреодолимая пропасть. Многие отмечали крайне малое количество генов у вирусов, доказывая, что при их способе размножения быть больше у них и не может. Так как вирусы размножаются, захватывая другие клетки, они подходят к копированию своих генов крайне небрежно. У них, например, отсутствует репаративный фермент, который мог бы исправлять возникающие при этом ошибки. Вследствие этого они гораздо в большей мере подвержены смертельным мутациям. Если у вируса будет несколько тысяч генов, то такой вирус будет нежизнеспособным из-за огромного шанса возникновения такой мутации.
Количество генов, имевшихся у обнаруженных на тот момент вирусов, служило данной теории хорошим подтверждением. Гены вирусов находятся в закодированном виде либо в ДНК, либо в ее однонитиевой версии — РНК. По целому ряду причин РНК, по своей сути, гораздо больше подвержена ошибкам при копировании. Как выяснилось, вирусы, строящиеся на основе РНК, такие как грипп или ВИЧ, имеют гораздо меньшее количество генов, чем вирусы, имеющие ДНК.
Вынужденные обходиться малым количеством генов, вирусы отказались от генов, отвечающих за функции, отличные от размножения и выживания. Так, у них не может быть генов, позволяющих им, например, есть. Они не могут самостоятельно преобразовывать вещества в новые гены и белок. Они не могут расти. Они не могут выводить продукты распада. Они не могут противостоять низким и высоким температурам. Они не могут размножаться делением. Все эти «не» не складываются в одно ошеломляющее «не». Вирусы не живые.
Чтобы считаться живым организмом, утверждали ученые, нужно обладать настоящими клетками. «Организм состоит из клеток», — заявлял в своей лекции, посвященной получению им Нобелевской премии в 1967 году, микробиолог Андре Львов (Andre Lwoff). Так как у вирусов нет клеток, они воспринимались просто как изолированный генетический материал, который обладал необходимыми химическими свойствами, позволяющими ему воспроизводить себя внутри настоящих клеток. Ученым удавалось кристаллизовать вирусы таким же образом, как они получали соль из ДНК. А вот кристаллизовать клетки почему-то никому не удалось. В 2000 году Международная комиссия по таксономии вирусов объявила, что «вирусы не являются живыми организмами».
В течение десяти лет после этого заявления множеству ученых удалось его опровергнуть. В свете открытия новых вирусов старые правила уже не работали. Мимивирусы, например, скрывались от взглядов исследователей так долго отчасти из-за того, что были в сотни раз крупнее, чем обычные вирусы. Также у них было слишком много генов, чтобы они могли отвечать представлениям о том, как устроены вирусы. Ученые точно не знают, что мимивирусы делают со всеми своими генами, но предполагают, что благодаря им в мимивирусах протекают процессы, схожие с процессами, протекающими в живых клетках. Некоторые белки мимивирусов напоминают белки, которые в наших клетках служат для синтезирования новых генов и белков.
