Церковное строительство вообще было составной частью государственной политики первых царей династии. Тщанием Михаила Фёдоровича к 1645 году был возведён и Спасо-Преображенский собор, где уже при Алексее Михайловиче совершал богослужения архимандрит Никон – будущий патриарх-реформатор, во многом повинный в трагедии раскола. В то время между Никоном и Алексеем Михайловичем не было противоречий относительно перспектив развития Русской православной церкви. Более того, сам собор, строгая простота его пятикупольного образа, перекликающаяся с образами кремлёвских храмов, символов романовского царствования, вполне отвечал взглядам Никона, противника всякого рода «обмирщения».
И у Михаила Фёдоровича, и у его сына были основания заботиться и о защите монастыря, и о его развитии – здесь, в подклете Спасо-Преображенского собора, с давних пор находилось захоронение старинного боярского рода Романовых. Правда, тогда они ещё носили другие фамилии. Монастырь расцвёл при первых Романовых.
Летопись свидетельствует: «1633 года января 23 день. Ходил Государь к Спасу на Новое к вечерней панихиде. А на Государе было платья: шуба санная, сукно тёмно-вишнёво; зипун комнатной, шапка, сукно вишнёво с тафтяными петли; да в запас отпущено: стул сафьяной, подножье тёплое меньшое, кабеняк лундыш вишнёв, три суконца кровельных».
А вот интереснейшее свидетельство от 6 августа 1662 года: «Обедни Государь (Алексей Михайлович) слушал у праздника Преображения Спасова Нового монастыря. А на Государе было платья; ферезия, сукно скорлат червчет, с широким кружевом, холодная; ферези, атлас бел, испод соболий, зипун без обнизи, шапка, бархат двоеморх шафранного цвета с большими запоны».
Исторические источники отмечают, что особенно часто – каждую неделю! – приезжал в монастырь царь Фёдор Алексеевич.
Видели в Новоспасском и царей-братьев Ивана и Петра. А в 1716 году Пётр I, выражая особое своё отношение к монастырю, велел отлить для него большой колокол. А ведь в это время Россия воевала с Швецией, и согласно указу императора церковные колокола переливали в пушки!
Но чем меньше романовской крови было в каждом следующем монархе, тем реже они посещали могилы предков. Последней, кто привечала монастырь, была императрица Елизавета Петровна. А уж при Екатерине II ни о каком особом отношении к Новоспасскому не было и речи. Считаные разы бывали здесь Александр I и Николай I.
1812 год огненным ураганом прошёлся по обители – многие гробницы Романовых были утрачены, осталось чуть больше тридцати. Восстановить родовую усыпальницу решил Александр II в 1857 году, в результате чего гробницы были отделаны белым камнем.
