При избрании всероссийского патриарха в 1917 г., он получил наибольшее после архиепископа Антония, потом митрополита Киевского, число голосов и был, таким образом, в числе трех кандидатов. Возведенный Собором вместе с архиепископом Антонием 23 ноября 1917 г. в митрополичий сан, он был одним из ближайших верных помощников патриарха, был местоблюстителем, несколько раз его ссылали в Сибирь и Туркестан.
Митрополит Арсений во все годы испытаний, ниспосланных Русской Церкви, сохранил твердую верность Православию и самую жизнь свою окончил в ссылке в Туркестане при исполнении подвига исповедничества.
Один из соузников митрополита рассказал в своих воспоминаниях следующее.
Много было любви у апостола Петра к Спасителю, но в час испытания он тяжко пал. Этот вечный пример стоит у меня в памяти во множестве новых иллюстраций. Кто в духовном мире не знает ныне покойного митрополита Арсения Стадницкого.
Широкий ум, большое образование, могучая воля, честность и прямота, очень твердый, решительный, непреклонный характер, строгость к подчиненным и себе. И сей славный и великий муж, митрополит Новгородский, член Синода и государственных Думы и Совета, мне, маленькому неизвестному священнику, чистосердечно рассказал в Бутырской московской тюрьме, где Господь нас соединил на недолгий срок, какие чувства малодушия и трусости он вдруг пережил во внутренней тюрьме ГПУ в ожидании расстрела.
«Я уже старик, — говорил он, — ждать впереди нечего, я монах от юности, наконец архиерей, пример и образец христианства и христианского мужества, и вот никак не мог собой овладеть. Такая жажда жизни, такое нежелание умирать, такая тоска и борьба с собой и страх смерти и малодушие, что просто ужас. Борюсь и не могу себя победить. Такое банкротство и такая грусть за себя».
Этот великий муж потом из туркестанской ссылки безбоязненно писал митрополиту Сергию свой протест против его соглашения с богоборными властями и отрицал всякую возможность компромисса с ними.
Человеческая слабость гефсиманского предсмертного борения была пережита и преодолена митрополитом Арсением, и в полной силе духа он отверг всякий соблазн, обрекая сам себя на долгие и тяжкие узы.
Тот же рассказчик передает следующий факт:
«Кстати сказать, ужасную роль посредников по делам ГПУ выполняли обычно впавшие в раскол епископы. Архиепископ Евдоким (Мещерский), обновленческий митрополит, в стенах ГПУ понуждал митрополита Новгородского Арсения перейти в обновленчество. Митрополит Арсений сказал ему, своему бывшему сослуживцу по Московской академии:
