В конце декабря митрополита Петра этапом через Вятскую, Пермскую, Екатеринбургскую и Тюменскую тюрьмы направили в ссылку в Тобольск. 1 января 1927 г. в Пермской тюрьме митрополит Петр впервые имел возможность узнать о положении церковных дел в России, о провокации архиепископа Григория в прошлом г., о выступлении митрополита Агафангела и прочем и тогда же составил он свое послание к Церкви, имевшее целью объяснить все его невольные ошибки, сделанные из тюрьмы, и направить церковную жизнь в должное русло.
21 января 1927 г. в Екатеринбургской тюрьме митрополит Петр имел свидание с архиепископом Григорием, после чего ему удалось передать свое послание на волю. В ноябре 1927 г. он прибыл в Тобольскую тюрьму, откуда в начале марта был направлен на поселение в село Абалацкое на берегу Иртыша в 50 верстах выше Тобольска.
В это время архиепископ Серафим Углический вызван был в Московское ГПУ, где Тучков предложил ему принять известные условия «легализации». На это архиепископ Серафим ответил отказом, мотивируя его тем, что не считает себя полномочным решать основные принципиального характера вопросы без находящихся в заключении старших иерархов. После трех дней содержания архиепископа Серафима в ГПУ Тучков отпустил его в Углич, а 20 марта был освобожден митрополит Сергий, которому архиепископ Серафим и сдал дела управления.
Факт освобождения митрополита Сергия в тот момент, когда репрессии против Церкви по всей России все возрастали, сразу же возбудил ряд опасений и тревог.
В атмосфере все растущего недоверия вышла, наконец, в июне 1927 г. и знаменитая декларация митрополита Сергия. Митрополит Сергий капитулировал перед ГПУ, принял все условия «легализации» и стал последовательно проводить их в жизнь. Цитадель православия — патриарший престол — был в руках врагов Церкви. Немногим раньше издания декларации митрополита Сергия митрополит Петр был снова арестован и брошен в Тобольскую тюрьму.
Митрополит Петр, проведя два месяца в Тобольской тюрьме, был выслан вниз по реке Оби в зимовье Хэ, что в двухстах верстах от Обдорска на берегу Обской губы, в тундрах. Там, лишенный всякой возможности сноситься с миром, лишенный всякой помощи, тяжело больной, он обречен был на медленное умирание. Один человек так описывает положение ссыльных: «В августе 1927 г. на барже, буксируемой пароходом Обтреста, прибыл в Хэ митрополит Петр. Ему удалось снять за десять рублей в месяц домик из двух комнат у местной старушки-самоедки. За стол и стирку белья приходилось платить еще десять рублей. Сперва митрополит чувствовал себя неплохо и говорил, что отдыхает после двух месяцев Тобольской тюрьмы и десяти дней Обдорского ГПУ, дыша свежим воздухом.
