Когда Никон исполнил поручение и привез мощи, царь надумал принять меры к избранию Никона в патриархи. В письмах по этому поводу он называет своего любимца «собинным другом, душевным и телесным». Жить в разлуке он не может и не хочет.
Сбор святителей, собравшийся в Москве, свято выполнил желание царя и немедленно провозгласил избранным на пост патриарха царского любимца. Но Никон упрямится. Уже служатся многочисленные молебствия о здравии новоизбранного патриарха, но Никон непреклонен. Он не желает принимать на себя этот сан.
Снова и снова посылает Алексей не только бояр, но и священников уговаривать упрямца, но тот всякий раз отказывается категорически, и одно посольство за другим ни с чем возвращается к царю. Тогда Алексей распорядился силой приволочь в церковь нового патриарха. Уже и приведенный, он все же стоит как столб и по-прежнему отказывается принять патриаршество. Все присутствующие в церкви со слезами валятся на пол, молят Никона согласиться, но он непреклонен. Падает ему в ноги и сам царь, обливаясь слезами. Результат тот же.
Только после очень долгих просьб Никон, наконец, заявляет:
— Называемся мы все христианами, но на деле не исповедуем мы заповедей евангельских. Если вам и вправду надо, чтобы я у вас патриархом был, дайте обет здесь, в церкви, перед иконами клянитесь, что все будете слушаться меня как главного архипастыря вашего и отца.
Требование Никона беспрекословно выполняется. Сам царь, бояре и все духовенство принесли особую присягу. Перед Евангелием и иконами произнесли клятву почитать Никона как отца и исполнять, что бы он ни предложил. Только тогда согласился суровый Никон принять патриаршество.
Хмур и суров был новый патриарх. Духовенство того времени, темное, невежественное, строжайшими мерами преследовалось: снятие сана, заключение в тюрьму, ссылка, цепи. «До чего дошло, — жаловались члены причта, — уже и священнику пьяным напиться нельзя».
Не ограничиваясь крепкой уздой, наложенной на священнослужителя, Никон берется и за саму церковь. Существующие спокон веку обычаи Никон пытается исправить. Священные книги, впервые напечатанные в России при Иване Грозном, были воспроизведены с целого ряда списков вместе со всеми ошибками, которые в них вкрались. Никон сурово берется за исправление ошибок. Не довольствуясь проверкой по рукописям, он обещает взяться за греческие первоисточники, поручает специалистам разобраться в той путанице, которая создалась в течение долгих лет. И — о, ужас! — оказывается, что русские неправильно творят крестное знамение — двумя перстами. По старине креститься следует тремя. Никон ополчается против новин всякого рода. Его задача — вернуться во что бы то ни стало именно к старой, подлинно древней вере. Но все окружающие в ужасе. Для них все шаги Никона представляются нарушением обычаев, новизной и проклятой ересью.
