У слушателя естественного отделения того времени, независимо от того, какую специальность он избирал, значительное время уделялось общим проблемам естествознания. Уже на втором курсе, кроме лекций по физике и органической химии, студенты слушали также лекции по курсу систематики растений, зоологии, сравнительной анатомии, минералогии. Все эти дисциплины были представлены очень своеобразными и интересными учеными. Это были не просто педагоги, лучше сказать лекторы, но также исследователи. Каждый из них по-своему воспитывал у студентов уважение к эксперименту и умение работать не только головой, но и руками.
К примеру, образованнейший ботаник И. Н. Горожанкин придавал большое значение организованному им практикуму, и Прянишников с теплым юмором вспоминал, как, живя на даче в Богородском, он «четыре раза в неделю маршировал на Первую Мещанскую, чтобы работать с микроскопом по анатомии растений». Горожанкин устраивал многодневные экскурсии для изучения окской флоры. Ночевки устраивались в крестьянских избах и на сеновалах. Вечера посвящались беседам.
А. П. Богданов, читавший зоологию беспозвоночных, стремился воспитать у студентов почтение к научному факту. С этой целью, например, он начинал лекции для первого курса прямо со специальных отделов — скажем, с очень подробного изложения главы о червях. «Для меня, перешедшего с математического факультета, — вспоминал Дмитрий Николаевич, — этот «ушат червей» после аналитической геометрии и дифференциального исчисления был большим контрастом».
Сравнительную анатомию студентам читал такой выдающийся естествоиспытатель, как М. А. Мензбир.
На третьем курсе студенты стали слушать лекции К. А. Тимирязева по физиологии растений, А. П. Павлова — по геологии; Н. Е. Лясковский читал агрономическую химию.
Прянишников и его друзья П. С. Коссович, Н. И. Голенкин, народоволец В. П. Ижевский специализировались по химии. Поначалу Прянишников готовил различные препараты под руководством М. И. Коновалова, потом перешел в непосредственное ведение В. В. Марковникова.
«Теперь уже не помню, по какому вопросу он мне указал в качестве источника статьи в «Berichte der deutschen chemichen Gesellschaft», — вспоминал Прянишников, — я говорю: «Так это же по-немецки». — «А мне какое дело? Читайте как хотите». Пришлось подтягивать на специальных статьях по химии свое недостаточное знание немецкого языка, как я раньше подтянул французский язык на физике Жамена и на французском издании Маркса».
