Пример рассудительности властей, справедливости при вынесении приговоров дает разбирательство по следующему делу. В начале апреля 1863 года в лесу под Новогрудком после издевательств был повешен крестьянин, мятежники пытались убить и его малолетнего сына, но тот сбежал. Виновных поймали. Оказалось, что причина убийства — устрашение местного населения и желание повязать новых членов банды кровью. Суд приговорил к расстрелу четырех мятежников, которые непосредственно совершали убийство, 18-летнего юношу, помогавшего убийцам, сослали на каторгу.
Многие из примкнувших к повстанцам были совсем юными людьми, и М.Н. Муравьев относился к ним вовсе не жестоко, а скорее как строгий отец относится к заблудшим детям, давая шанс на исправление. Но в этой строгости он был непреклонен. К предателям же, офицерам и чиновникам, изменившим долгу, духовным пастырям, пробуждавшим в прихожанах не христианскую любовь, а ненависть и злобу, генерал-губернатор был безжалостен.
Всего в Северо-Западном крае было казнено 128 человек, еще 12 483 отправлено на каторгу, поселение в Сибирь, арестантские роты и ссылку. Царские власти и лично М.Н. Муравьев относились к повстанцам достаточно гуманно. Ведь в России с 1742 года действовал, говоря современным языком, мораторий на исполнение смертных приговоров. Он нарушался лишь в исключительных случаях, например, во время Пугачевского бунта, восстания декабристов. В этом смысле Россия была уникальной европейской страной. И тем не менее, в Европе сразу поднялся крик о жестоком подавлении польского восстания. Как говорится, европейцы в чужом глазу пылинку видели, а в своем бревна не увидали. В 1846 году австрийцы и польские паны залили Галицию кровью украинских крестьян. В 1871 году при подавлении Парижской Коммуны правительственные войска убили 30 тыс. человек, еще 40 тысяч были сосланы. Через двенадцать лет после польского мятежа 1863 года английский посол в Константинополе Г. Эллиот настоятельно рекомендовал турецкому правительству подавить болгарское восстание, «не разбирая средств». Результатом стала массовая резня и 30 тысяч убитых. Сами англичане, любившие рассуждать о нравах «этих русских», в 1857–1859 годах устроили кровавую бойню в Индии в ответ на восстание сипаев. Достаточно сказать, что людей привязывали к пушкам и разрывали ядрами.
М.Н. Муравьев никогда не рассматривал репрессии в качестве основного способа борьбы с мятежом. Создавались сельские стражи из крестьян, то есть дело подавления вооруженного восстания в значительной мере передавалось в руки самого населения. Генерал-губернатор приказал в три дня разоружить всех помещиков, шляхту, ксендзов и их прислугу, немедленно арестовать всех причастных к мятежу и придать их военному суду. Помещики и их управляющие не должны были помогать мятежникам, но обязаны доносить властям обо всех перемещениях повстанческих отрядов. Михаил Николаевич сразу стал действовать не столько насилием, сколько умом и рублем. Населенные пункты, в окрестностях которых орудовали шайки, но местные жители не сообщали об этом властям, облагались штрафами. Домохозяевам, содержателям трактиров, настоятелям церквей и монастырей Вильно было объявлено, что за каждого жителя, ушедшего в лес, они будут платить от 10 до 100 рублей. Через неделю бегство к мятежникам из столицы края полностью прекратилось.
