Поэтому в конце 1935 г. митрополит назначил комиссию для рассмотрения выдвинутых против Булгакова обвинений. Поскольку основные богословские кадры экзархата были сосредоточены в Свято–Сергиевском институте, большинство членов комиссии составили его преподаватели, которым, таким образом, предстояло судить собственного декана. Учитывая характер своих отношений с Булгаковым, будучи ему многим обязан, Флоровский попытался уклониться от тягостной обязанности принимать участие в работе комиссии. Однако митрополит Евлогий настоял на включении Флоровского в ее состав, мотивируя это тем, что без участия последнего заключение комиссии будет выглядеть неубедительным. Очевидно, комиссия была заранее настроена на реабилитацию Булгакова, но требовалось представить это решение как итог некоей серьезной работы. Именно поэтому был необходим Флоровский, который к тому времени уже приобрел репутацию наиболее последовательного оппонента софиологии, своеобразного богословского «анти–Булгакова». В то же время всем было известно, что Флоровский попал в Институт и получил кафедру патрологии именно благодаря протекции Булгакова, поэтому предполагалось, что он не станет действовать против своего духовного отца и благодетеля. Таким образом, в этой истории Флоровскому отводилась, по сути, ключевая роль: он должен был символизировать некую богословскую принципиальность, но в итоге найти способ для оправдания Булгакова.
Для Флоровского эта ситуация оказалась крайне трудной и двусмысленной: с одной стороны, он действительно не мог позволить себе открыто выступать против Булгакова, но с другой, будучи человеком бескомпромиссным и прямолинейным, не мог поступаться своей богословской совестью. Заседания комиссии начались в феврале 1936 г. под председательством прот. С. Четверикова. Флоровский присутствовал только на одном официальном заседании комиссии, члены которой быстро разделились на два лагеря. Большинство защищало Булгакова от обвинений в ереси, а меньшинство, представленное Четвериковым и (заочно) Флоровским, выражало по поводу булгаковского богословия серьезные сомнения. Несмотря на отсутствие единогласия, в июне 1936 г. комиссия вынесла предварительное заключение. В связи с этим Четвериков счел необходимым сформулировать «особое мнение» меньшинства, однако Флоровский всячески уклонялся от участия также и в этом: он отказался быть составителем данного документа и в итоге лишь подписал составленный Четвериковым довольно «обтекаемый» текст, вывод которого гласил: «Несомненно, что осуждение о. Булгакова в Москве и Карловцах было поспешным и преждевременным, произнесенным без тщательного и детального рассмотрения, а также без предоставления голоса обвиненному. Тем не менее следует отметить, что независимо от какого‑либо осуждения имеются причины для того, чтобы иметь опасения и смущения по поводу взглядов о. Булгакова не только потому, что они расходятся с церковным преданием, но и потому, что они дают повод к всякому роду безответственных дискуссий относительно догматов веры, разлагающих православное сознание»
