К концу 30-х годов V в., когда положение Перикла в качестве главы государства стало менее прочным, его политические противники возбудили судебные преследования лиц, которые были к нему близки, в том числе Фидия, Аспасии и Анаксагора. Обвинительные формулировки в каждом случае были различны, но политическая подоплека этих дел была ясна: все они были направлены на подрыв авторитета Перикла, еще пользовавшегося большой популярностью среди афинского населения. Анаксагор обвиняется в безбожии и в распространении учений о небесных светилах, противоречивших традиционным религиозным представлениям. Философу грозит смертный приговор; при содействии Перикла он тайно покидает Афины.
Последние годы Анаксагор проводит в Лампсаке — богатом торговом городе на берегу Геллеспонта. Умер он в 428 г., окруженный почетом и уважением лампсакских граждан. В течение длительного времени после смерти философа лампсакцы устраивали в его память ежегодные детские празднества.
Такова внешняя канва жизни Анаксагора. Труднее сказать что-либо о его научной биографии, в частности об эволюции его философских воззрений. Интерес к науке, как уже было сказано, пробуждается у него еще в ранней молодости. Живя в Клазоменах, расположенных недалеко от Милета, Анаксагор мог без труда разыскать и прочесть сочинения знаменитых милетцев Анаксимандра и Анаксимена, оказавшие, судя по всему, громадное влияние на формирование его собственного мировоззрения. Не случайно позднейшие доксографы называют Анаксагора учеником Анаксимена. Непосредственно слушать Анаксимена Анаксагор, конечно, не мог, даже будучи мальчиком: последний великий представитель милетской школы умер, по-видимому, еще до рождения Анаксагора, но основная проблематика анаксименовского сочинения оказалась в центре внимания молодого клазоменца. Это была космологическая проблематика; точнее говоря, это было учение о происхождении и структуре космоса, рассматриваемого как нечто целое. Об Анаксагоре рассказывают, что в молодости он любил наблюдать за небесными явлениями с вершины мыса Миманта, находившегося по соседству с Клазоменами. Можно предполагать, что это не были точные астрономические наблюдения за восходом и заходом светил, движениями планет и т. д. Астрономом в строгом смысле слова Анаксагор никогда не был, и его астрономические познания даже в поздний период его деятельности оставались весьма примитивными. В этом отношении Анаксагор уступал современным ему пифагорейцам, не говоря уже о вавилонских астрономах, достигших высокой степени совершенства в методике астрономических наблюдений. Отношение Анаксагора к ночному небесному своду имело, скорее, эстетический характер. Недаром существует рассказ, что, будучи спрошен, ради чего лучше родиться, чем не родиться, Анаксагор ответил: «Чтобы созерцать небо и устройство всего космоса». Космос поражал Анаксагора совершенной разумной организацией, которая, как ему представлялось, не могла быть результатом действия слепых, беспорядочных сил, в мире должно существовать некое организующее и упорядочивающее начало, которое приводит в действие весь ход мирового процесса и определяет устройство космоса как единого развивающегося целого. Впоследствии он обозначит это начало термином nous, т. е. Разум.
