И Хавкин уходит в науку. В 1885 г. парижский журнал «Анналы натуральных наук» публикует его диссертацию, посвященную простейшим обитателям Черного моря — астазиям. Год спустя тот же журнал печатает новую статью кандидата из Одессы, на этот раз о биологии зеленой эвглены. Имя Хавкина появляется в списках тех, кто выступает на заседаниях Новороссийского общества естествоиспытателей. Его доклады вызывают даже горячие споры. Одна из дискуссий произошла 30 апреля 1887 года, когда Хавкин в докладе о наследственности у одноклеточных организмов пытался отрицать ценность учения Дарвина. Большинство присутствующих, пылкие дарвинисты, устроили Молодому ученому полный разнос. Если бы на заседании присутствовал Илья Ильич, он, вероятно, еще более строго отчитал зарапортовавшегося ученика. Но Мечникова не было в Одессе. Окончательно затравленного чиновниками профессора занимала в это время одна мысль: скорее покинуть Россию. Пастер предложил талантливому русскому профессору перебраться в Париж в только что созданный Пастеровский институт и тот с удовольствием принял предложение. Хавкин остался один. С отъездом Мечникова (1888 г.) жизнь в Одессе для него в значительной степени теряла смысл. Работа в музее давно уже стала тягостной. Появилась мысль последовать за Ильей Ильичем во Францию.
Владея языками, Хавкин постоянно следил за биологическими журналами Германии и Франции. Его манили новейшие сообщения далеких лабораторий. Из недр классической зоологии возникла полная неведомого дисциплина — бактериология. Это было как открытие доселе неизвестного материка. Врачи, зоологи, микроскописты, животноводы с изумлением узнавали каждый день все новые чудеса о жизни бактерий, недавно еще малоизученных и никому не интересных существ. Едва Пастер нашел средство борьбы с сибиреязвенными микробами (термин «микроб» только начал тогда входить в научный обиход), как Роберт Кох обнаружил микроскопического возбудителя чахотки, а год спустя он же открыл холерную «запятую». В 1884 году еще сенсация: Пастер в Париже предпринял лечение бешенства с помощью прививок. Как было бы замечательно участвовать в поисках виновников заразных болезней, в поисках, которые ведутся по всему миру!
Но кто возьмет безвестного зоолога из Одессы в один из тех блистательных институтов, где развернулась азартная погоня за невидимым врагом? Заняться бактериологическими исследованиями самому? Это значит принять на себя удары безграмотных городских властей, подобные тем, какие в свое время получили Мечников и Гамалея — организаторы первой в России Пастеровской станции. Если уж у профессора Мечникова не хватило сил продолжать бесконечные дебаты с тупыми думскими гласными, то где их взять скромному препаратору. Оставалось одно: уехать за границу, попытаться найти место в чужой лаборатории. Любое, пусть самое скромное. Хавкин предложил себя в качестве преподавателя Лозаннскому университету в Швейцарии. Физиолог Шифф, знакомый с его работами, согласился предоставить ученому из России место приват-доцента. Но год, проведенный в Швейцарии, не приблизил Владимира к желанной цели. Не из-за высокого оклада покинул он родину. У Шиффа было скучно. Та же классическая зоология. Детализация, мелочи. Письмо от Мечникова из Парижа решило его судьбу.
