Айны на обследованных островах считали себя под данными России, а жители о. Рашуа даже показали Головнину специальную грамоту, выданную им в конце XVIII в. сибирским генерал-губернатором.
Затем Головнин направился далее на юг, намереваясь описать остальные южные острова Курильской гряды, на которых к тому времени обосновались японцы. Он решил подойти к о. Кунашир, на котором находилось селение и безопасная гавань, где намеревался приобрести провиант и дрова, а также пополнить запас пресной воды. Постоянные неблагоприятные ветры и густые туманы не позволили «Диане» подойти к берегу. Более двух недель шлюп лавировал у островов Итуруп, Кунашир и Шикотан. Наконец вечером 4 июля 1811 г. «Диана» подошла к длинной косе, составляющей восточную сторону гавани о. Кунашир, и стала на якорь.
Командир шлюпа надеялся войти в сношения с японцами в крепости на берегу и попытаться за плату получить необходимое продовольствие, запастись питьевой водой и дровами, но японцы избегали русских моряков. Продовольственные припасы они складывали на берегу, а моряки, забирая их, оставляли взамен деньги. На берегу удалось наполните бочки пресной водой и запастись дровами.
Через неделю после прихода шлюпа к острову по приглашению начальника крепости В. М. Головнин вместе с мичманом Федором Муром, штурманом Андреем Хлебниковым, матросами Симоновым, Макаровым, Шкаевым, Васильевым и переводчиком курильцем Алексеем отправился на переговоры с японскими чиновниками. Офицеры были при саблях, карманный же пистолет штурмана годился более для подачи сигнала, чем для обороны. Другого оружия у В М. Головнина и его спутников не было, поэтому по приказу начальника крепости, в распоряжении которого находилось несколько сотен вооруженных пиками, саблями и ружьями солдат, японцам удалось вероломно схватить русских моряков.
Пленников перевезли с о. Кунашир в г. Хакодатэ на о. Хоккайдо, а затем в губернский город Мацмай (ныне Фукуяма) и заключили в тюрьму. Головнина посадили в отдельную темную и сырую камеру. Но и в этих условиях Головнин не прекращал внимательно наблюдать за японцами, за их нравами и обычаями. Все, что он наблюдал во время прогулок и узнавал из разговоров с охранниками, Головнин старался запомнить. В этом помогал ему своеобразный «журнал» из ниток, облегчавший ему запоминание. Каждому примечательному событию, о котором Головнину удалось узнать, в этом «журнале» соответствовала нитка определенного цвета. Сами нитки выдергивались из манжет, подкладки мундира или шарфа. Затем нитки сплетались в узелок. Этот «журнал-дневник» помог ему впоследствии написать свое замечательное произведение о пребывании в плену у японцев.
